<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial">Oh, I see, thanks very much!<br><div style="position:relative;zoom:1"></div><div id="divNeteaseMailCard"></div><br>ÔÚ 2016-07-07 00:31:16£¬"Elaine Meng" &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt; Ð´µÀ£º<br> <blockquote id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Jiying Jia,<div>The ¡°findclash¡± default is to ignore interactions between atoms that are separated by 4 or fewer bonds, and this is controlled by the ¡°bondSeparation¡± option. &nbsp;For example, to ignore only interactions between pairs of atoms that are directly bonded (separated by 1 bond), you would use a command something like:</div><div><br></div><div>findclash #0 test #0 bondSep 1</div><div><br></div><div>¡­ giving results shown in attached image, except I changed the line colors afterwards.</div><div><br></div><div>You can use command ¡°help findclash¡± to see the findclash manual page (which explains the options and their default values), or see it on our website here:</div><div>&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/findclash.html">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/findclash.html</a>&gt;</div><div><br></div><div>I hope this helps,</div><div>Elaine<br><div>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br></div><div><img height="210" width="300" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="8994FA78-A183-4E4B-8B1E-40517D648C96" src="cid:57a0df44$1$155c1aad92b$Coremail$zhuceyonghu123$126.com"></div>On Jul 6, 2016, at 6:38 AM, xibei &lt;<a href="mailto:zhuceyonghu123@126.com">zhuceyonghu123@126.com</a>&gt; wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hi,<br>I'm trying to use command "findclash" to check the excluded volume effect by detecting overlaps between&nbsp;atoms. The command I use is "findclash #0 test #0" or "findclash #0 overlapCutoff value test #0", but I&nbsp;found that two close atoms (14C,16C, dis=0.8) are not identified as "overlaped" while another two atoms&nbsp;(11C, 16C, dis=1.8) whose distance is larger are overlaped... Is there anything wrong about understanding&nbsp;the overlap?<br><br>Example molecular (init.mol2):<br>@&lt;TRIPOS&gt;MOLECULE<br>init.mol2<br>20 19 20 0 0<br>NUCLEIC_ACID<br>NO_CHARGES<br><br><br>@&lt;TRIPOS&gt;ATOM<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.7888 &nbsp; 10.0072 &nbsp; -5.6663 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.4013 &nbsp; &nbsp;8.5150 &nbsp; -3.5012 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;13.7388 &nbsp; &nbsp;8.7698 &nbsp; -5.6133 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.6414 &nbsp; &nbsp;7.5770 &nbsp; -3.3654 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 5 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;12.9675 &nbsp; &nbsp;5.9273 &nbsp; -2.0359 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 6 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;13.6457 &nbsp; &nbsp;4.0155 &nbsp; -0.2544 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 7 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;12.8822 &nbsp; &nbsp;2.8588 &nbsp; &nbsp;2.0634 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 8 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;11.7541 &nbsp; &nbsp;3.3958 &nbsp; &nbsp;4.4562 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; 9 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;11.2290 &nbsp; &nbsp;4.5854 &nbsp; &nbsp;6.8231 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;10 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;13.8907 &nbsp; &nbsp;4.6510 &nbsp; &nbsp;7.2730 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;10 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;11 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.5581 &nbsp; &nbsp;5.2490 &nbsp; &nbsp;9.3114 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;11 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;12 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;17.8150 &nbsp; &nbsp;4.7800 &nbsp; 10.7177 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;12 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;13 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;18.0666 &nbsp; &nbsp;2.1205 &nbsp; 10.3271 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;13 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;14 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.9288 &nbsp; &nbsp;4.4119 &nbsp; &nbsp;9.4640 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;14 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;15 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.9471 &nbsp; &nbsp;3.0788 &nbsp; 10.7232 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;15 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;16 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.7345 &nbsp; &nbsp;3.9070 &nbsp; &nbsp;8.8773 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;16 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;17 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.5384 &nbsp; &nbsp;2.3512 &nbsp; 10.7314 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;17 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;18 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.0476 &nbsp; &nbsp;1.4159 &nbsp; &nbsp;8.2501 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;18 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;19 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;17.5152 &nbsp; &nbsp;1.5369 &nbsp; &nbsp;5.9877 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;19 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;20 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;17.5650 &nbsp; &nbsp;3.1811 &nbsp; &nbsp;3.8468 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;20 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000<br>@&lt;TRIPOS&gt;BOND<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 1<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;3 1<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;4 1<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp;5 1<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;6 1<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;7 1<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;8 1<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp;9 1<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; 10 1<br>&nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; 10 &nbsp; 11 1<br>&nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; 11 &nbsp; 12 1<br>&nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; 12 &nbsp; 13 1<br>&nbsp; &nbsp; 13 &nbsp; 13 &nbsp; 14 1<br>&nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; 14 &nbsp; 15 1<br>&nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; 15 &nbsp; 16 1<br>&nbsp; &nbsp; 16 &nbsp; 16 &nbsp; 17 1<br>&nbsp; &nbsp; 17 &nbsp; 17 &nbsp; 18 1<br>&nbsp; &nbsp; 18 &nbsp; 18 &nbsp; 19 1<br>&nbsp; &nbsp; 19 &nbsp; 19 &nbsp; 20 1<br>@&lt;TRIPOS&gt;SUBSTRUCTURE<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 1 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 1 ROOT<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 3 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 4 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 5 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 6 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 7 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 8 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 9 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 10 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;10 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 11 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;11 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 12 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;12 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 13 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;13 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 14 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;14 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 15 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;15 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 16 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;16 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 17 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;17 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 18 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;18 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 19 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;19 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2<br>&nbsp; &nbsp; 20 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;20 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 1<br><br>Best Wishes!<br>Jiying Jia<br></blockquote><br></div></blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><p>&nbsp;</p></span>