<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial">Hi,<div>I'm trying to use command "findclash" to check the excluded volume effect by detecting overlaps between atoms. The command I use is "findclash #0 test #0" or "findclash #0 overlapCutoff value test #0", but I found that two close atoms (14C,16C, dis=0.8) are not identified as "overlaped" while another two atoms (11C, 16C, dis=1.8) whose distance is larger are overlaped... Is there anything wrong about understanding the overlap?</div><div><br></div><div>Example molecular (init.mol2):</div><div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">@<TRIPOS>MOLECULE</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">init.mol2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">20 19 20 0 0</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">NUCLEIC_ACID</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">NO_CHARGES</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;"><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;"><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">@<TRIPOS>ATOM</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">      1 C          14.7888   10.0072   -5.6663 C.3       1  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">      2 C          15.4013    8.5150   -3.5012 C.3       2  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">      3 C          13.7388    8.7698   -5.6133 C.3       3  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">      4 C          14.6414    7.5770   -3.3654 C.3       4  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">      5 C          12.9675    5.9273   -2.0359 C.3       5  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">      6 C          13.6457    4.0155   -0.2544 C.3       6  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">      7 C          12.8822    2.8588    2.0634 C.3       7  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">      8 C          11.7541    3.3958    4.4562 C.3       8  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">      9 C          11.2290    4.5854    6.8231 C.3       9  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     10 C          13.8907    4.6510    7.2730 C.3      10  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     11 C          15.5581    5.2490    9.3114 C.3      11  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     12 C          17.8150    4.7800   10.7177 C.3      12  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     13 C          18.0666    2.1205   10.3271 C.3      13  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     14 C          16.9288    4.4119    9.4640 C.3      14  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     15 C          14.9471    3.0788   10.7232 C.3      15  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     16 C          16.7345    3.9070    8.8773 C.3      16  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     17 C          15.5384    2.3512   10.7314 C.3      17  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     18 C          16.0476    1.4159    8.2501 C.3      18  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     19 C          17.5152    1.5369    5.9877 C.3      19  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     20 C          17.5650    3.1811    3.8468 C.3      20  DA    0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">@<TRIPOS>BOND</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     1    1    2 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     2    2    3 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     3    3    4 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     4    4    5 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     5    5    6 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     6    6    7 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     7    7    8 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     8    8    9 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     9    9   10 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    10   10   11 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    11   11   12 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    12   12   13 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    13   13   14 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    14   14   15 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    15   15   16 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    16   16   17 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    17   17   18 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    18   18   19 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    19   19   20 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     1  DA     1 RESIDUE           4 A      DA     1 ROOT</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     2  DA     2 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     3  DA     3 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     4  DA     4 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     5  DA     5 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     6  DA     6 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     7  DA     7 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     8  DA     8 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">     9  DA     9 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    10  DA    10 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    11  DA    11 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    12  DA    12 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    13  DA    13 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    14  DA    14 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    15  DA    15 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    16  DA    16 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    17  DA    17 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    18  DA    18 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    19  DA    19 RESIDUE           4 A      DA     2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">    20  DA    20 RESIDUE           4 A      DA     1</div></div><div><br></div><div>Best Wishes!</div><div>Jiying Jia</div></div><br><br><span title="neteasefooter"><p> </p></span>