<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial">Hi,<div>I'm trying to use command "findclash" to check the excluded volume effect by detecting overlaps between atoms. The command I use is "findclash #0 test #0" or "findclash #0 overlapCutoff value test #0", but I found that two close atoms (14C,16C, dis=0.8) are not identified as "overlaped" while another two atoms (11C, 16C, dis=1.8) whose distance is larger are overlaped... Is there anything wrong about understanding the overlap?</div><div><br></div><div>Example molecular (init.mol2):</div><div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">@&lt;TRIPOS&gt;MOLECULE</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">init.mol2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">20 19 20 0 0</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">NUCLEIC_ACID</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">NO_CHARGES</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;"><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;"><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">@&lt;TRIPOS&gt;ATOM</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.7888 &nbsp; 10.0072 &nbsp; -5.6663 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.4013 &nbsp; &nbsp;8.5150 &nbsp; -3.5012 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;13.7388 &nbsp; &nbsp;8.7698 &nbsp; -5.6133 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.6414 &nbsp; &nbsp;7.5770 &nbsp; -3.3654 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; 5 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;12.9675 &nbsp; &nbsp;5.9273 &nbsp; -2.0359 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; 6 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;13.6457 &nbsp; &nbsp;4.0155 &nbsp; -0.2544 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; 7 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;12.8822 &nbsp; &nbsp;2.8588 &nbsp; &nbsp;2.0634 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; 8 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;11.7541 &nbsp; &nbsp;3.3958 &nbsp; &nbsp;4.4562 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; 9 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;11.2290 &nbsp; &nbsp;4.5854 &nbsp; &nbsp;6.8231 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;10 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;13.8907 &nbsp; &nbsp;4.6510 &nbsp; &nbsp;7.2730 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;10 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;11 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.5581 &nbsp; &nbsp;5.2490 &nbsp; &nbsp;9.3114 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;11 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;12 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;17.8150 &nbsp; &nbsp;4.7800 &nbsp; 10.7177 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;12 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;13 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;18.0666 &nbsp; &nbsp;2.1205 &nbsp; 10.3271 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;13 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;14 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.9288 &nbsp; &nbsp;4.4119 &nbsp; &nbsp;9.4640 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;14 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;15 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.9471 &nbsp; &nbsp;3.0788 &nbsp; 10.7232 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;15 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;16 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.7345 &nbsp; &nbsp;3.9070 &nbsp; &nbsp;8.8773 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;16 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;17 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.5384 &nbsp; &nbsp;2.3512 &nbsp; 10.7314 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;17 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;18 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.0476 &nbsp; &nbsp;1.4159 &nbsp; &nbsp;8.2501 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;18 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;19 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;17.5152 &nbsp; &nbsp;1.5369 &nbsp; &nbsp;5.9877 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;19 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;20 C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;17.5650 &nbsp; &nbsp;3.1811 &nbsp; &nbsp;3.8468 C.3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;20 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;0.0000</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">@&lt;TRIPOS&gt;BOND</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;3 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;4 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp;5 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;6 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;7 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;8 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp;9 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; 10 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; 10 &nbsp; 11 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; 11 &nbsp; 12 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; 12 &nbsp; 13 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 13 &nbsp; 13 &nbsp; 14 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; 14 &nbsp; 15 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; 15 &nbsp; 16 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 16 &nbsp; 16 &nbsp; 17 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 17 &nbsp; 17 &nbsp; 18 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 18 &nbsp; 18 &nbsp; 19 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 19 &nbsp; 19 &nbsp; 20 1</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">@&lt;TRIPOS&gt;SUBSTRUCTURE</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 1 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 1 ROOT</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 3 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 4 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 5 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 6 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 7 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 8 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 9 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 10 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;10 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 11 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;11 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 12 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;12 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 13 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;13 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 14 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;14 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 15 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;15 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 16 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;16 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 17 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;17 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 18 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;18 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 19 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;19 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 12.8px; line-height: normal;">&nbsp; &nbsp; 20 &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;20 RESIDUE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4 A &nbsp; &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 1</div></div><div><br></div><div>Best Wishes!</div><div>Jiying Jia</div></div><br><br><span title="neteasefooter"><p>&nbsp;</p></span></div><br><br><span title="neteasefooter"><p>&nbsp;</p></span>