<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Thanks a lot Tom.<br>
    The vop cover command works great.<br>
    <br>
    The dumpHeader is not a recognized keyword though.<br>
    <br>
    Cedric<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 5/07/2016 19:23, Tom Goddard wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:294B8C9F-C844-4CB2-90A9-FC6BBAF0DC47@sonic.net"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      Hi Cedric,
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class="">  Chimera does not automatically extend maps by
        crystal symmetry like Coot (Chimera is primarily used for
        electron microscopy maps).  If your x-ray map is a unit cell you
        can use Chimera command</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vop
        cover #1 atom #2</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class="">where #1 is the model id of the map, and #2 is the
        model id of the atomic model.  If the map is just an asymmetric
        unit and not a full unit cell then Chimera will have to use
        space group symmetry to extend the map.  It can only do that if
        the space group symmetries are in the *.map CCP4 file.  You can
        see if those symmetries are present by using</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vol
        #0 dumpHeader true</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class="">and looking for the symop header value in the
        displayed output.  Coot can probably produce the space group
        symmetries from just the space group number (ispg header value),
        but Chimera does not do that.</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class=""><br class="">
        <div>
          <blockquote type="cite" class="">
            <div class="">On Jul 4, 2016, at 6:11 AM, Cedric Govaerts
              &lt;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:cgovaert@ulb.ac.be" class="">cgovaert@ulb.ac.be</a>&gt;
              wrote:</div>
            <br class="Apple-interchange-newline">
            <div class="">
              <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
                charset=windows-1252" class="">
              <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000" class="">
                <p class="">Hi all,</p>
                <p class="">I would like to use Chimera to show a 2FO-FC
                  or FO-FC electron density map (actually a tiny part of
                  it)  obtained from COOT (or directly from the
                  refinement program).</p>
                <p class="">If I open both the PDB file and the .map
                  file, they are correctly open except that the bounding
                  box from chimera truncate the map way to early.</p>
                <p class="">That's because my PDB absolute coordinate
                  sit in the origin and it seem I cannot use negative
                  value for the boundaries of the volume/map.</p>
                <p class="">How can I get the map to extend entirely
                  over my protein ?</p>
                <p class=""><br class="">
                </p>
                <p class="">Thanks !</p>
                <p class=""><br class="">
                </p>
                <p class="">Cedric<br class="">
                </p>
                <br class="">
                <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Cedric Govaerts, Ph.D.
Universite Libre de Bruxelles
Campus Plaine. Phone :+32 2 650 53 77
Building BC, Room 1C4 203
Boulevard du Triomphe, Acces 2
1050 Brussels
Belgium<span id="cid:part1.3D665874.632F2BAF@ulb.ac.be">&lt;lmhhpkhmepadlnpa.png&gt;</span>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://govaertslab.ulb.ac.be/">http://govaertslab.ulb.ac.be/</a></pre>
              </div>
              _______________________________________________<br
                class="">
              Chimera-users mailing list: <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br
                class="">
              Manage subscription: <a moz-do-not-send="true"
                href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users"
                class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br
                class="">
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br class="">
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Cedric Govaerts, Ph.D.
Universite Libre de Bruxelles
Campus Plaine. Phone :+32 2 650 53 77
Building BC, Room 1C4 203
Boulevard du Triomphe, Acces 2
1050 Brussels
Belgium
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://govaertslab.ulb.ac.be/">http://govaertslab.ulb.ac.be/</a></pre>
  </body>
</html>