<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Cedric,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Chimera does not automatically extend maps by crystal symmetry like Coot (Chimera is primarily used for electron microscopy maps). &nbsp;If your x-ray map is a unit cell you can use Chimera command</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vop cover #1 atom #2</div><div class=""><br class=""></div><div class="">where #1 is the model id of the map, and #2 is the model id of the atomic model. &nbsp;If the map is just an asymmetric unit and not a full unit cell then Chimera will have to use space group symmetry to extend the map. &nbsp;It can only do that if the space group symmetries are in the *.map CCP4 file. &nbsp;You can see if those symmetries are present by using</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vol #0 dumpHeader true</div><div class=""><br class=""></div><div class="">and looking for the symop header value in the displayed output. &nbsp;Coot can probably produce the space group symmetries from just the space group number (ispg header value), but Chimera does not do that.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jul 4, 2016, at 6:11 AM, Cedric Govaerts &lt;<a href="mailto:cgovaert@ulb.ac.be" class="">cgovaert@ulb.ac.be</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class="">
  

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8" class="">
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000" class=""><p class="">Hi all,</p><p class="">I would like to use Chimera to show a 2FO-FC or FO-FC electron
      density map (actually a tiny part of it)&nbsp; obtained from COOT (or
      directly from the refinement program).</p><p class="">If I open both the PDB file and the .map file, they are correctly
      open except that the bounding box from chimera truncate the map
      way to early.</p><p class="">That's because my PDB absolute coordinate sit in the origin and
      it seem I cannot use negative value for the boundaries of the
      volume/map.</p><p class="">How can I get the map to extend entirely over my protein ?</p><p class=""><br class="">
    </p><p class="">Thanks !</p><p class=""><br class="">
    </p><p class="">Cedric<br class="">
    </p>
    <br class="">
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Cedric Govaerts, Ph.D.
Universite Libre de Bruxelles
Campus Plaine. Phone :+32 2 650 53 77
Building BC, Room 1C4 203
Boulevard du Triomphe, Acces 2
1050 Brussels
Belgium<span id="cid:part1.3D665874.632F2BAF@ulb.ac.be">&lt;lmhhpkhmepadlnpa.png&gt;</span>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://govaertslab.ulb.ac.be/">http://govaertslab.ulb.ac.be/</a></pre></div>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>