<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Clarisse,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>While it is theoretically possible to add methyl groups as donors in Chimera, it is by no means easy. &nbsp;Firstly, you’d have to come up with geometric criteria as per the source Chimera uses:<div class=""><br class=""></div><div class=""><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9007693" target="_blank" style="font-family: -webkit-standard;" class="">Three-dimensional hydrogen-bond geometry and probability information from a crystal survey.</a><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">&nbsp;Mills JE, Dean PM.&nbsp;</span><i style="font-family: -webkit-standard;" class="">J Comput Aided Mol Des.</i><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class="">&nbsp;1996 Dec;10(6):607-22.</span></div><div class=""><span style="font-family: -webkit-standard; font-size: medium;" class=""><br class=""></span></div><div class="">Then you would have to modify the FindHBond module to add methyl donors and their geometry criteria. &nbsp;The learning curve would be steep.</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Since you have explicit hydrogens on your structures, a simpler alternative that may be good enough is to use the Find Clashes/Contacts tool to find “contacts” between methyl hydrogens and hydroxyl oxygens. &nbsp;Just run the tool, select methyl hydrogens (e.g. “sel methyl &amp; H”), designate them as a set to check, select the hydroxyl oxygens (“sel hydroxyl &amp; O”), designate them as the second set, set checking to be between the two sets, then perhaps check contacts using the default parameters, or whatever parameters you felt were appropriate.</div></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>BTW, you have to get tomorrow’s build to have the “methyl &amp; H” thing work, because there was a bug where “methyl” only selected the methyl carbon.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><br class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline">

</div>
<br class=""></body></html>