<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Jeremy,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; I'll send you a link to a prerelease ChimeraX. &nbsp;The program has many fewer capabilities than our production Chimera software, so you would get a better idea of what is possible by looking at UCSF Chimera. &nbsp;The ChimeraX Oculus Rift support is not in Chimera, also it only works on Mac OS which has not been supported by Oculus for the past year. &nbsp;We are just now getting our Windows ChimeraX version working and we will update to the latest Oculus API used on Windows, probably this summer.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; I liked the anatomy HoloLens demo. &nbsp;Molecular visualization is harder to understand as the mechanisms and functions of molecules are not even grasped by the experts. &nbsp;Still I could see an interesting demonstration on say the architecture of HIV virus or Zika virus along the same lines as the anatomy demo. &nbsp;I know from making animations that producing the content is a much bigger job than implementing the rendering capabilities. &nbsp;For instance the following 5 minute HIV RNA animation took me a month to create</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="https://www.youtube.com/watch?v=i-__ufO9LYg" class="">https://www.youtube.com/watch?v=i-__ufO9LYg</a></div><div class=""><br class=""></div><div class="">while adding support for viewing in Oculus Rift took about a week. &nbsp;So the bottleneck in making high-quality teaching visualizations is preparing the content, not supporting new technologies like HoloLens. &nbsp;It is important to appreciate that when doing the technology proof of concept development.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jun 30, 2016, at 7:22 AM, Provance, Jeremy &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class="">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Tom,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Your Oculus work is super neat. Agreed about the developer kits—we’re using the less functional free-ware until our use mandates purchase. We do a lot of R&amp;D “proof of concept" type work alongside bread and butter informatics. If we can show stakeholders
 what 3D visualization capabilities exist they are more likely to move in that direction.&nbsp;</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I do see us eventually using 3D instead of 2D in a lot of classroom work but like you said it will take advances in the softwares to make it seamless.&nbsp;<a href="https://www.youtube.com/watch?v=eEUXuyPyD0k" class="">This video</a>&nbsp;was made by my
 boss showing anatomy capabilities possible for a medical student. As medicine and sensor ability progresses we see this being a real patient with real-time anatomy someday. The applications are endless.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The Chimera X software sounds intriguing and I would be interested in what it can do. Is there a demo version I can access? We’re honestly just seeing how far we can go into visualizations at many different levels with what current technology
 allows.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Jeremy<br class="">
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 29 June 2016, at 21:13, Tom Goddard wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Jeremy,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">&nbsp; We are interested in molecular visualization with virtual reality headsets and have been trying it for a couple years with Oculus Rift developer kits 1 and 2 with our next generation ChimeraX software. &nbsp;Here's a description of what we tried
 a few years ago:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/oculus-jan2014/oculus.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/data/oculus-jan2014/oculus.html</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We have not tried augmented reality offered by Microsoft HoloLens where you see both your natural surroundings with elements like giant molecules added by the computer. &nbsp;(Discouraging that their developer kit is so expensive, $3000, oculus dk1
 was $300). I don't have a clear idea why viewing molecules in our natural surroundings makes sense. &nbsp;I guess for a classroom where all the students have headsets it allows the students to see each other so it would be better for discussion. &nbsp;A basic element
 would be that all the headsets would be viewing the same scene, although they are probably each connected to a separate computer. &nbsp;So a challenge of implementing this is syncing the scene across multiple computers. &nbsp;A start-up company in San Francisco called
 High Fidelity is making an open source multiplayer virtual reality platform to do this kind of thing and I saw a demo a month ago but using immersive headsets where you don't see your surroundings. &nbsp;Each participant has a human-like &nbsp;avatar that others can
 see in the scene.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">&nbsp; Our ChimeraX software is not yet released but it can do the needed stereoscopic rendering. &nbsp;But maybe what you need is instead molecular models exported in 3d format to use in custom software you write to coordinate the views of multiple participants.
 &nbsp;I'm happy to help. &nbsp;Tell me what you envision our role would be in your project.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>Tom</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jun 29, 2016, at 8:05 AM, Provance, Jeremy wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">My name is Jeremy and I work at the University of Missouri—Kansas City School of Medicine. To cut to the chase, we’re doing R&amp;D work with Microsoft HoloLens as it applies to medicine in both macroscopic (telemedicine) and molecular (pharmaceutical
 compound visualization and manipulation) applications.&nbsp;</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’ve been using Chimera for some time in my academic explorations and wanted to contact you all to start a conversation about how we might collaborate to make molecular manipulation in 3D a reality. I’m imagining importing a protein and coloring
 areas of polarity and hydrophobicity, real-time, as the protein floats in the space of a classroom, as the proof of concept. Let me know if this is something you all would be interested in working together on.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Jeremy<br class="">
<div class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; widows: auto; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; widows: auto; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; widows: auto; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<font color="#929292" class="">-----</font></div>
<div style="letter-spacing: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; widows: auto; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<font color="#929292" class=""><a href="https://twitter.com/jeremyprovance" class=""><font color="#929292" class="">Jeremy Provance</font></a>&nbsp;| Software Analyst,&nbsp;<a href="http://chi.umkc.edu/" class=""><font color="#929292" class="">Center for Health Insights</font></a></font>
<div class=""><font color="#929292" class="">2411 Holmes Street, Kansas City, MO 64108&nbsp;</font><span style="color: rgb(146, 146, 146);" class="">| MG-204A&nbsp;</span><font color="#929292" class=""><br class="">
(816) 235-1938 |&nbsp;<a href="mailto:provancej@umkc.edu" class=""><font color="#929292" class="">provancej@umkc.edu</font></a></font><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">
Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">
Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">
http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>

</div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>