<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>Thanks for the suggested code change; I’ve added it.</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>Usually when adjusting a bond angle, the bonds aren’t collinear, so it’s easy to choose the axis to rotate around — it’s just the cross product of the two bond vectors.  For collinear bonds, like in your line polymer, Chimera chooses an arbitrary axis to rotate around.  It just so happens that arbitrary axis it choose was the X axis — exactly the axis that your polymer was lying on!  So, the rotation didn’t do anything.  If your linear polymer had been in any other direction, it would have worked!  Anyway, I’ve now changed the code to check whether the collinear bonds lie on the X axis and if they do then choose a different rotation axis.</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>Both changes will be in the next daily build and release candidate.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">    </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">  </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div>

</div>
<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jun 30, 2016, at 1:44 AM, Jiying Jia <<a href="mailto:jiajiyingxibei@gmail.com" class="">jiajiyingxibei@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Hi, <div class="">I'm trying to use chimera to adjust angles in my polymer.</div><div class="">First: Probably I found a bug: when I typed "adjust angle 90 #0:4@C #0:5@C #0:6@C" in the command line, it reported that "the degree should be a number". After I changed line 488 in /Chimera/share/Midas/midas_text.py to "degrees, spec = args.split(None,1)", the command works.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Second: still about "adjust angle", if the polymer is a straight line, the command doesn't work, while it works for a random distributed polymer. For the line polymer, type "adjust angle 90 #0:4@C #0:5@C #0:6@C"  and then "angle #0:4@C #0:5@C #0:6@C", it returns 180 degree.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Below is the pdb example:</div><div class="">line polymer:</div><div class=""><div class="">ATOM      1  C    DA     1       0.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      2  C    DA     2       1.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      3  C    DA     3       2.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      4  C    DA     4       3.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      5  C    DA     5       4.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      6  C    DA     6       5.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      7  C    DA     7       6.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      8  C    DA     8       7.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      9  C    DA     9       8.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     10  C    DA    10       9.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     11  C    DA    11      10.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     12  C    DA    12      11.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     13  C    DA    13      12.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     14  C    DA    14      13.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     15  C    DA    15      14.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     16  C    DA    16      15.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     17  C    DA    17      16.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     18  C    DA    18      17.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     19  C    DA    19      18.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     20  C    DA    20      19.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div class="">CONECT    1    2</div><div class="">CONECT    2    1    3</div><div class="">CONECT    3    2    4</div><div class="">CONECT    4    3    5</div><div class="">CONECT    5    4    6</div><div class="">CONECT    6    5    7</div><div class="">CONECT    7    6    8</div><div class="">CONECT    8    7    9</div><div class="">CONECT    9    8   10</div><div class="">CONECT   10    9   11</div><div class="">CONECT   11   10   12</div><div class="">CONECT   12   11   13</div><div class="">CONECT   13   12   14</div><div class="">CONECT   14   13   15</div><div class="">CONECT   15   14   16</div><div class="">CONECT   16   15   17</div><div class="">CONECT   17   16   18</div><div class="">CONECT   18   17   19</div><div class="">CONECT   19   18   20</div><div class="">CONECT   20   19</div><div class="">END</div></div><div class="">random polymer:</div><div class=""><div class="">ATOM      1  C   DA      1      -7.600  -3.500  -1.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      2  C   DA      2      -6.600  -4.500   0.200  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      3  C   DA      3      -3.600  -2.500  -0.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      4  C   DA      4      -3.600  -2.500  -1.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      5  C   DA      5      -3.600  -2.500  -2.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      6  C   DA      6      -3.600  -2.500  -3.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      7  C   DA      7      -3.600  -2.500  -4.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      8  C   DA      8      -1.600   3.500  -2.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM      9  C   DA      9       0.400   3.500  -3.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     10  C   DA     10      -0.600   0.500  -3.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     11  C   DA     11      -1.600   1.500  -1.800  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     12  C   DA     12      -0.600   0.500   0.200  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     13  C   DA     13      -1.600   2.500   2.200  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     14  C   DA     14       1.400   2.500   2.200  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     15  C   DA     15       2.400   0.500   4.200  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     16  C   DA     16       5.400   0.500   4.200  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     17  C   DA     17       6.400   1.500   2.200  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     18  C   DA     18       7.400  -1.500   2.200  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     19  C   DA     19       7.400  -1.500   5.200  1.00  0.00           C</div><div class="">ATOM     20  C   DA     20       9.400  -0.500   6.200  1.00  0.00           C</div><div class="">CONECT    1    2</div><div class="">CONECT    2    1    3</div><div class="">CONECT    3    2    4</div><div class="">CONECT    4    3    5</div><div class="">CONECT    5    4    6</div><div class="">CONECT    6    5    7</div><div class="">CONECT    7    6    8</div><div class="">CONECT    8    7    9</div><div class="">CONECT    9    8   10</div><div class="">CONECT   10    9   11</div><div class="">CONECT   11   10   12</div><div class="">CONECT   12   11   13</div><div class="">CONECT   13   12   14</div><div class="">CONECT   14   13   15</div><div class="">CONECT   15   14   16</div><div class="">CONECT   16   15   17</div><div class="">CONECT   17   16   18</div><div class="">CONECT   18   17   19</div><div class="">CONECT   19   18   20</div><div class="">CONECT   20   19</div><div class="">END</div></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class=""><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="">------------------</div><div class="">Best Wishes!</div><div class="">Jiying Jia</div></div></div></div></div></div>
</div></div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>