<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Thanks for the suggested code change; I’ve added it.</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Usually when adjusting a bond angle, the bonds aren’t collinear, so it’s easy to choose the axis to rotate around — it’s just the cross product of the two bond vectors. &nbsp;For collinear bonds, like in your line polymer, Chimera chooses an arbitrary axis to rotate around. &nbsp;It just so happens that arbitrary axis it choose was the X axis — exactly the axis that your polymer was lying on! &nbsp;So, the rotation didn’t do anything. &nbsp;If your linear polymer had been in any other direction, it would have worked! &nbsp;Anyway, I’ve now changed the code to check whether the collinear bonds lie on the X axis and if they do then choose a different rotation axis.</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Both changes will be in the next daily build and release candidate.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div>

</div>
<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jun 30, 2016, at 1:44 AM, Jiying Jia &lt;<a href="mailto:jiajiyingxibei@gmail.com" class="">jiajiyingxibei@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Hi,&nbsp;<div class="">I'm trying to use chimera to adjust angles in my polymer.</div><div class="">First: Probably I found a bug: when I typed "adjust angle 90 #0:4@C #0:5@C #0:6@C" in the command line, it reported that "the degree should be a number". After I changed line 488 in&nbsp;/Chimera/share/Midas/midas_text.py to "degrees, spec = args.split(None,1)", the command works.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Second: still about "adjust angle", if the polymer is a straight line, the command doesn't work, while it works for a random distributed polymer. For the line polymer, type&nbsp;"adjust angle 90 #0:4@C #0:5@C #0:6@C"&nbsp; and then "angle #0:4@C #0:5@C #0:6@C", it returns 180 degree.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Below is the pdb example:</div><div class="">line polymer:</div><div class=""><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 6 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 6.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp; 9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;10 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;11 &nbsp; &nbsp; &nbsp;10.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;12 &nbsp; &nbsp; &nbsp;11.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;13 &nbsp; &nbsp; &nbsp;12.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;14 &nbsp; &nbsp; &nbsp;13.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;15 &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 16 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;16 &nbsp; &nbsp; &nbsp;15.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 17 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;17 &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 18 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;18 &nbsp; &nbsp; &nbsp;17.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 19 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;19 &nbsp; &nbsp; &nbsp;18.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 20 &nbsp;C &nbsp; &nbsp;DA &nbsp; &nbsp;20 &nbsp; &nbsp; &nbsp;19.000 &nbsp; 0.000 &nbsp; 0.000 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;3</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;4</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;5</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp;6</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;7</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;8</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;9</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; 10</div><div class="">CONECT &nbsp; 10 &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; 11</div><div class="">CONECT &nbsp; 11 &nbsp; 10 &nbsp; 12</div><div class="">CONECT &nbsp; 12 &nbsp; 11 &nbsp; 13</div><div class="">CONECT &nbsp; 13 &nbsp; 12 &nbsp; 14</div><div class="">CONECT &nbsp; 14 &nbsp; 13 &nbsp; 15</div><div class="">CONECT &nbsp; 15 &nbsp; 14 &nbsp; 16</div><div class="">CONECT &nbsp; 16 &nbsp; 15 &nbsp; 17</div><div class="">CONECT &nbsp; 17 &nbsp; 16 &nbsp; 18</div><div class="">CONECT &nbsp; 18 &nbsp; 17 &nbsp; 19</div><div class="">CONECT &nbsp; 19 &nbsp; 18 &nbsp; 20</div><div class="">CONECT &nbsp; 20 &nbsp; 19</div><div class="">END</div></div><div class="">random polymer:</div><div class=""><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-7.600 &nbsp;-3.500 &nbsp;-1.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-6.600 &nbsp;-4.500 &nbsp; 0.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-3.600 &nbsp;-2.500 &nbsp;-0.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-3.600 &nbsp;-2.500 &nbsp;-1.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-3.600 &nbsp;-2.500 &nbsp;-2.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-3.600 &nbsp;-2.500 &nbsp;-3.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-3.600 &nbsp;-2.500 &nbsp;-4.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.600 &nbsp; 3.500 &nbsp;-2.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.400 &nbsp; 3.500 &nbsp;-3.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.600 &nbsp; 0.500 &nbsp;-3.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.600 &nbsp; 1.500 &nbsp;-1.800 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.600 &nbsp; 0.500 &nbsp; 0.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.600 &nbsp; 2.500 &nbsp; 2.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.400 &nbsp; 2.500 &nbsp; 2.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.400 &nbsp; 0.500 &nbsp; 4.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 16 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 16 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5.400 &nbsp; 0.500 &nbsp; 4.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 17 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 17 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 6.400 &nbsp; 1.500 &nbsp; 2.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 18 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 18 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7.400 &nbsp;-1.500 &nbsp; 2.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 19 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 19 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7.400 &nbsp;-1.500 &nbsp; 5.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">ATOM &nbsp; &nbsp; 20 &nbsp;C &nbsp; DA &nbsp; &nbsp; 20 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9.400 &nbsp;-0.500 &nbsp; 6.200 &nbsp;1.00 &nbsp;0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;2</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp;3</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp;4</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp;5</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp;6</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;7</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp;8</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp;9</div><div class="">CONECT &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; 10</div><div class="">CONECT &nbsp; 10 &nbsp; &nbsp;9 &nbsp; 11</div><div class="">CONECT &nbsp; 11 &nbsp; 10 &nbsp; 12</div><div class="">CONECT &nbsp; 12 &nbsp; 11 &nbsp; 13</div><div class="">CONECT &nbsp; 13 &nbsp; 12 &nbsp; 14</div><div class="">CONECT &nbsp; 14 &nbsp; 13 &nbsp; 15</div><div class="">CONECT &nbsp; 15 &nbsp; 14 &nbsp; 16</div><div class="">CONECT &nbsp; 16 &nbsp; 15 &nbsp; 17</div><div class="">CONECT &nbsp; 17 &nbsp; 16 &nbsp; 18</div><div class="">CONECT &nbsp; 18 &nbsp; 17 &nbsp; 19</div><div class="">CONECT &nbsp; 19 &nbsp; 18 &nbsp; 20</div><div class="">CONECT &nbsp; 20 &nbsp; 19</div><div class="">END</div></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class=""><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="">------------------</div><div class="">Best Wishes!</div><div class="">Jiying Jia</div></div></div></div></div></div>
</div></div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>