<div dir="ltr">Hi, <div>I&#39;m trying to use chimera to adjust angles in my polymer.</div><div>First: Probably I found a bug: when I typed &quot;adjust angle 90 #0:4@C #0:5@C #0:6@C&quot; in the command line, it reported that &quot;the degree should be a number&quot;. After I changed line 488 in /Chimera/share/Midas/midas_text.py to &quot;degrees, spec = args.split(None,1)&quot;, the command works.</div><div><br></div><div>Second: still about &quot;adjust angle&quot;, if the polymer is a straight line, the command doesn&#39;t work, while it works for a random distributed polymer. For the line polymer, type &quot;adjust angle 90 #0:4@C #0:5@C #0:6@C&quot;  and then &quot;angle #0:4@C #0:5@C #0:6@C&quot;, it returns 180 degree.</div><div><br></div><div>Below is the pdb example:</div><div>line polymer:</div><div><div>ATOM      1  C    DA     1       0.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      2  C    DA     2       1.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      3  C    DA     3       2.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      4  C    DA     4       3.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      5  C    DA     5       4.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      6  C    DA     6       5.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      7  C    DA     7       6.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      8  C    DA     8       7.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      9  C    DA     9       8.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     10  C    DA    10       9.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     11  C    DA    11      10.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     12  C    DA    12      11.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     13  C    DA    13      12.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     14  C    DA    14      13.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     15  C    DA    15      14.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     16  C    DA    16      15.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     17  C    DA    17      16.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     18  C    DA    18      17.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     19  C    DA    19      18.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     20  C    DA    20      19.000   0.000   0.000  1.00  0.00           C</div><div>CONECT    1    2</div><div>CONECT    2    1    3</div><div>CONECT    3    2    4</div><div>CONECT    4    3    5</div><div>CONECT    5    4    6</div><div>CONECT    6    5    7</div><div>CONECT    7    6    8</div><div>CONECT    8    7    9</div><div>CONECT    9    8   10</div><div>CONECT   10    9   11</div><div>CONECT   11   10   12</div><div>CONECT   12   11   13</div><div>CONECT   13   12   14</div><div>CONECT   14   13   15</div><div>CONECT   15   14   16</div><div>CONECT   16   15   17</div><div>CONECT   17   16   18</div><div>CONECT   18   17   19</div><div>CONECT   19   18   20</div><div>CONECT   20   19</div><div>END</div></div><div>random polymer:</div><div><div>ATOM      1  C   DA      1      -7.600  -3.500  -1.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      2  C   DA      2      -6.600  -4.500   0.200  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      3  C   DA      3      -3.600  -2.500  -0.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      4  C   DA      4      -3.600  -2.500  -1.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      5  C   DA      5      -3.600  -2.500  -2.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      6  C   DA      6      -3.600  -2.500  -3.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      7  C   DA      7      -3.600  -2.500  -4.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      8  C   DA      8      -1.600   3.500  -2.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM      9  C   DA      9       0.400   3.500  -3.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     10  C   DA     10      -0.600   0.500  -3.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     11  C   DA     11      -1.600   1.500  -1.800  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     12  C   DA     12      -0.600   0.500   0.200  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     13  C   DA     13      -1.600   2.500   2.200  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     14  C   DA     14       1.400   2.500   2.200  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     15  C   DA     15       2.400   0.500   4.200  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     16  C   DA     16       5.400   0.500   4.200  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     17  C   DA     17       6.400   1.500   2.200  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     18  C   DA     18       7.400  -1.500   2.200  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     19  C   DA     19       7.400  -1.500   5.200  1.00  0.00           C</div><div>ATOM     20  C   DA     20       9.400  -0.500   6.200  1.00  0.00           C</div><div>CONECT    1    2</div><div>CONECT    2    1    3</div><div>CONECT    3    2    4</div><div>CONECT    4    3    5</div><div>CONECT    5    4    6</div><div>CONECT    6    5    7</div><div>CONECT    7    6    8</div><div>CONECT    8    7    9</div><div>CONECT    9    8   10</div><div>CONECT   10    9   11</div><div>CONECT   11   10   12</div><div>CONECT   12   11   13</div><div>CONECT   13   12   14</div><div>CONECT   14   13   15</div><div>CONECT   15   14   16</div><div>CONECT   16   15   17</div><div>CONECT   17   16   18</div><div>CONECT   18   17   19</div><div>CONECT   19   18   20</div><div>CONECT   20   19</div><div>END</div></div><div><br></div><div><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>------------------</div><div>Best Wishes!</div><div>Jiying Jia</div></div></div></div></div></div>
</div></div>