<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Michał,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Yeah, Chimera is trying to find the connectivity between your 66,000 atoms in an N squared manner, which will take close to forever. &nbsp;There is no way to prevent the connectivity search without editing Chimera’s code. &nbsp;If you are willing to edit the code, change line 80 of &lt;your Chimera&gt;/share/ReadXYZ/__init__.py from:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>connectMolecule(m)</div><div class=""><br class=""></div><div class="">to:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>#connectMolecule(m)</div><div class=""><br class=""></div><div class="">(i.e. comment out the call to compute the connectivity). &nbsp;Make sure to keep the indentation the same. &nbsp;If you are feeling fancy, you might instead change that line to:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>if len(m.atoms) &lt; 10000:&nbsp;connectMolecule(m)</div><div class=""><br class=""></div><div class="">which will allow to the connectivity to be computed for smaller structures (&lt; 10000 atoms) but skip it for structures as large as yours.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><br class="Apple-interchange-newline">

</div>
<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jun 27, 2016, at 7:30 AM, Michał Kadlof &lt;<a href="mailto:m.kadlof@cent.uw.edu.pl" class="">m.kadlof@cent.uw.edu.pl</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Hello,<br class=""><br class="">I'm trying to open a xyz file that contain ~66000 entries (1.7 MB). Chimera hangs and rapidly allocates huge amounts of RAM (more than 60 GB) which is close to limits of my PC, is it normal?<br class=""><br class="">Is there any "rescue mode opening" that wouldn't search for bonds to render and/or would show particles as dots or 2D disks instead of ball?<br class=""><br class="">My system is spatially small and probably Chimera is trying to search all-to-all particles to render bonds between them, but I do not need this. Is there any way to prevent this behaviour?<br class=""><br class="">--<br class="">best<br class="">Michał<br class=""><br class="">_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>