<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name="Generator" content="Microsoft Exchange Server">
<!-- converted from text --><style><!-- .EmailQuote { margin-left: 1pt; padding-left: 4pt; border-left: #800000 2px solid; } --></style>
</head>
<body>
<meta content="text/html; charset=UTF-8">
<style type="text/css" style="">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
</style>
<div dir="ltr">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi,</p>
<p><br>
</p>
<p>I am the developer of the PyChimera wrapper! Glad to know someone besides me is actually trying to use it!</p>
<p><br>
</p>
<p>If you installed pychimera with pip or conda, you should have an executable called 'pychimera'. With it you can run the script directly with pychimera, like 'pychimera myscript.py'. Also, a bare PyChimera command ('pychimera') should bring up a Python interpreter
 where you can do &quot;import chimera&quot; just fine.</p>
<p><br>
</p>
<p>Let me know if you are able to make it work!</p>
<p><br>
</p>
<div id="x_Signature">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="display:inline-block; font-family:arial; line-height:18px; margin-right:2em; vertical-align:top">
<span style="font-size:8pt"><span style=""><span style="color:rgb(165,75,4); font-weight:bold">Jaime Rodríguez-Guerra Pedregal</span><br style="">
<b style="">Molecular modeling of transition metal systems group</b></span><br style="">
Department of Chemistry,&nbsp;Faculty of Sciences</span></div>
</div>
<div id="x_divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="display:inline-block; font-family:arial; line-height:18px; margin-right:2em; vertical-align:top">
<span style="font-size:8pt">Universitat Autňnoma de Barcelona</span></div>
</div>
<div id="x_divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="display:inline-block; font-family:arial; line-height:18px; margin-right:2em; vertical-align:top">
<span style="font-size:8pt"><br>
</span></div>
</div>
<div id="x_divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="display:inline-block; font-family:arial; line-height:18px; vertical-align:top">
<span style="font-size:8pt">Edif. C ˇ C7/153</span><br style="font-size:8pt">
<span style="font-size:8pt">Campus de la UAB ˇ 08193 Bellaterra</span><br style="font-size:8pt">
<span style="font-size:8pt">(Cerdanyola del Vallčs) ˇ Barcelona ˇ Spain</span><br style="font-size:8pt">
<br style="font-size:8pt">
<span style="font-size:8pt">&#43;34 93 581 28 57</span><br style="font-size:8pt">
<a href="http://www.uab.cat/" id="LPNoLP" style="color:rgb(165,75,4); text-decoration:none; background-color:transparent"><span style="font-size:8pt">www.uab.cat</span></a><br style="">
<br style="">
</div>
<div style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif; font-size:14px; line-height:20px; clear:both; border-top-width:3px; border-top-style:solid; border-top-color:rgb(229,229,229); padding:10px 0px 0px 5px">
&nbsp;<a href="http://orcid.org/0000-0001-8974-1566" id="LPNoLP" style="color:rgb(1,100,79); text-decoration:none; background-color:transparent"><img style="border:0px; vertical-align:middle" src="http://www.uab.cat/vcard/Logo_ORCID_0.png"></a>&nbsp;<a href="https://www.linkedin.com/in/jaimergp" id="LPNoLP" style="color:rgb(1,100,79); text-decoration:none; background-color:transparent"><img style="border:0px; vertical-align:middle" src="http://www.uab.cat/vcard/Logo_LinkedIn_0.png"></a></div>
<br style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif; font-size:14px; line-height:20px">
<span style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif; font-size:11px; color:rgb(119,119,119)">This message may contain private or confidential information, and is addressed exclusively to its intended recipient. If you have received it in error,
 please notify the sender and delete it. Please bear in mind that you are not authorized to use it for any purposes.</span><br style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif; font-size:14px; line-height:20px">
<br style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif; font-size:14px; line-height:20px">
<span style="font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,Arial,sans-serif; font-size:11px; color:rgb(119,119,119)">Please consider the environment before printing this email.</span><br>
</div>
<p></p>
</div>
</div>
</div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>De:</b> chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu &lt;chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu&gt; en nombre de chimera-users-request@cgl.ucsf.edu &lt;chimera-users-request@cgl.ucsf.edu&gt;<br>
<b>Enviado:</b> martes, 21 de junio de 2016 21:00:02<br>
<b>Para:</b> chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<b>Asunto:</b> Chimera-users Digest, Vol 158, Issue 30</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">Send Chimera-users mailing list submissions to<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; chimera-users-request@cgl.ucsf.edu<br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; chimera-users-owner@cgl.ucsf.edu<br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of Chimera-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
&nbsp;&nbsp; 1. Re: Module import error (Subha Kalyaanamoorthy)<br>
&nbsp;&nbsp; 2. Re: Module import error (Greg Couch)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Mon, 20 Jun 2016 16:27:14 -0600<br>
From: Subha Kalyaanamoorthy &lt;kalyaana@ualberta.ca&gt;<br>
To: Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
Subject: Re: [Chimera-users] Module import error<br>
Message-ID:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;CAFuN1V=PtjK=nBd6&#43;-_4Tir1T&#43;xc8JebJvx0frzbeoyqEUq1og@mail.gmail.com&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<br>
Hi Greg,<br>
<br>
Thanks for the kind reply.<br>
Sorry about the typo.<br>
<br>
The environment variables of the system seem fine to me. I also tried<br>
calling Chimera&nbsp; from the same directory as the script and its working<br>
fine.<br>
<br>
However, calling the chimera script using &quot;python sample.py&quot; doesn't work<br>
and using absolute path to chimera didn't help too.<br>
<br>
I tried installing pychimera, but end up with the same kind of error when I<br>
try pychimera -i<br>
import pychimera<br>
<br>
ImportError: No module named pychimera<br>
<br>
<br>
Couldn't understand what's going on with these import modules.<br>
<br>
<br>
I would greatly appreciate any suggestions to solve this.<br>
<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Subha<br>
<br>
On Mon, Jun 20, 2016 at 4:05 PM, Greg Couch &lt;gregc@cgl.ucsf.edu&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; (I assume you meant --nostatus)<br>
&gt;<br>
&gt; For me the simple test of a file with:<br>
&gt;<br>
&gt; import os<br>
&gt; os.system(&quot;chimera --nogui --nostatus&quot;)<br>
&gt;<br>
&gt; works just fine.&nbsp; So it's probably something about your particular setup<br>
&gt; that is tickling this bug.<br>
&gt;<br>
&gt; It might be the directory that you're running the script in, it might have<br>
&gt; python modules/packages that conflict with chimera's.&nbsp; Or it might<br>
&gt; something in the environment.&nbsp; Chimera tries to protect its python from the<br>
&gt; user's environment, but maybe we missed something.&nbsp; Also double check that<br>
&gt; the chimera you're invoking is the one you're expecting -- try using an<br>
&gt; absolute path to chimera while you're debugging this.<br>
&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HTH,<br>
&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Greg<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On 06/20/2016 01:18 PM, Subha Kalyaanamoorthy wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hi There,<br>
&gt;<br>
&gt; I am trying to call a script with Chimera commands(saved as sample.py<br>
&gt; file)&nbsp; in another python program using os.system(&quot;chimera --nogui --nostats<br>
&gt; sample.py&quot;) and I get an module load error as below,<br>
&gt;<br>
&gt; import chimera<br>
&gt;<br>
&gt; ImportError: No module named chimera<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; However, if I call the script with chimera it works, for eg., chimera<br>
&gt; --nogui --nostats sample.py typed directly in terminal is working.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Can anybody help fix this error?<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks in advance,<br>
&gt;<br>
&gt; Best Regards,<br>
&gt;<br>
&gt; Subha<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
&gt; Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">
http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
-- <br>
Dr. Subha Kalyaanamoorthy<br>
Post Doctoral Fellow<br>
Faculty of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences<br>
University of Alberta<br>
Edmonton, Canada.<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: &lt;<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20160620/aca3a7da/attachment-0001.html">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20160620/aca3a7da/attachment-0001.html</a>&gt;<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Mon, 20 Jun 2016 15:50:38 -0700<br>
From: Greg Couch &lt;gregc@cgl.ucsf.edu&gt;<br>
To: Subha Kalyaanamoorthy &lt;kalyaana@ualberta.ca&gt;,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
Subject: Re: [Chimera-users] Module import error<br>
Message-ID: &lt;5768733E.3060209@cgl.ucsf.edu&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;windows-1252&quot;; Format=&quot;flowed&quot;<br>
<br>
Change your os.system(&quot;chimera ...&quot;) to os.system(&quot;env PYTHONVERBOSE=1 <br>
chimera ...&quot;) and the debugging output might give you a clue.&nbsp; Feel free <br>
to send me the voluminous output (and just me, not the whole <br>
chimera-users list), and I'll let you know if I spot anything.<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -- Greg<br>
<br>
On 06/20/2016 03:27 PM, Subha Kalyaanamoorthy wrote:<br>
&gt; Hi Greg,<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks for the kind reply.<br>
&gt; Sorry about the typo.<br>
&gt;<br>
&gt; The environment variables of the system seem fine to me. I also tried <br>
&gt; calling Chimera&nbsp; from the same directory as the script and its working <br>
&gt; fine.<br>
&gt;<br>
&gt; However, calling the chimera script using &quot;python sample.py&quot; doesn't <br>
&gt; work and using absolute path to chimera didn't help too.<br>
&gt;<br>
&gt; I tried installing pychimera, but end up with the same kind of error <br>
&gt; when I try pychimera -i<br>
&gt; import pychimera<br>
&gt;<br>
&gt; ImportError: No module named pychimera<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Couldn't understand what's going on with these import modules.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; I would greatly appreciate any suggestions to solve this.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt;<br>
&gt; Subha<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Mon, Jun 20, 2016 at 4:05 PM, Greg Couch &lt;gregc@cgl.ucsf.edu <br>
&gt; &lt;<a href="mailto:gregc@cgl.ucsf.edu">mailto:gregc@cgl.ucsf.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (I assume you meant --nostatus)<br>
&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; For me the simple test of a file with:<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; import os<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; os.system(&quot;chimera --nogui --nostatus&quot;)<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; works just fine.&nbsp; So it's probably something about your particular<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; setup that is tickling this bug.<br>
&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; It might be the directory that you're running the script in, it<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; might have python modules/packages that conflict with chimera's. <br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Or it might something in the environment.&nbsp; Chimera tries to<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; protect its python from the user's environment, but maybe we<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; missed something.&nbsp; Also double check that the chimera you're<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; invoking is the one you're expecting -- try using an absolute path<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; to chimera while you're debugging this.<br>
&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HTH,<br>
&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Greg<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On 06/20/2016 01:18 PM, Subha Kalyaanamoorthy wrote:<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hi There,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am trying to call a script with Chimera commands(saved as<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sample.py file)&nbsp; in another python program using<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; os.system(&quot;chimera --nogui --nostats sample.py&quot;) and I get an<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; module load error as below,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; import chimera<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImportError: No module named chimera<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; However, if I call the script with chimera it works, for eg.,<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; chimera --nogui --nostats sample.py typed directly in terminal is<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; working.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can anybody help fix this error?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks in advance,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Best Regards,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Subha<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chimera-users mailing list:Chimera-users@cgl.ucsf.edu &lt;<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Manage subscription:http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; -- <br>
&gt; Dr. Subha Kalyaanamoorthy<br>
&gt; Post Doctoral Fellow<br>
&gt; Faculty of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences<br>
&gt; University of Alberta<br>
&gt; Edmonton, Canada.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
&gt; Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">
http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: &lt;<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20160620/ffd8fb26/attachment-0001.html">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/attachments/20160620/ffd8fb26/attachment-0001.html</a>&gt;<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
<br>
End of Chimera-users Digest, Vol 158, Issue 30<br>
**********************************************<br>
</div>
</span></font>
</body>
</html>