<div dir="ltr"><span style="font-size:13px">Hi Greg,</span><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px"><font face="verdana, sans-serif">Thanks for the kind reply. </font></div><div style="font-size:13px"><font face="verdana, sans-serif">Sorry about the typo.</font></div><div style="font-size:13px"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:13px"><font face="verdana, sans-serif">The environment variables of the system seem fine to me. I also tried calling Chimera  from the same directory as the script and its working fine. </font></div><div style="font-size:13px"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:13px"><font face="verdana, sans-serif">However, calling the chimera script using &quot;python sample.py&quot; doesn&#39;t work and using absolute path to chimera didn&#39;t help too.</font></div><div style="font-size:13px"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:13px"><font face="verdana, sans-serif">I tried installing pychimera, but end up with the same kind of error when I try pychimera -i</font></div><div style="font-size:13px"><font face="verdana, sans-serif">import pychimera</font></div><p style="font-size:13px;margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana, sans-serif">ImportError: No module named pychimera</font></p><p style="font-size:13px;margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></p><p style="font-size:13px;margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana, sans-serif">Couldn&#39;t understand what&#39;s going on with these import modules.</font></p><p style="font-size:13px;margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></p><p style="font-size:13px;margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana, sans-serif">I would greatly appreciate any suggestions to solve this.</font></p><p style="font-size:13px;margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></p><p style="font-size:13px;margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana, sans-serif">Thanks,</font></p><p style="font-size:13px;margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana, sans-serif">Subha</font></p></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 20, 2016 at 4:05 PM, Greg Couch <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gregc@cgl.ucsf.edu" target="_blank">gregc@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    (I assume you meant --nostatus)<br>
    <br>
    For me the simple test of a file with:<br>
    <blockquote type="cite">import os<br>
      os.system(&quot;chimera --nogui --nostatus&quot;)<br>
    </blockquote>
    works just fine.  So it&#39;s probably something about your particular
    setup that is tickling this bug.<br>
    <br>
    It might be the directory that you&#39;re running the script in, it
    might have python modules/packages that conflict with chimera&#39;s.  Or
    it might something in the environment.  Chimera tries to protect its
    python from the user&#39;s environment, but maybe we missed something. 
    Also double check that the chimera you&#39;re invoking is the one you&#39;re
    expecting -- try using an absolute path to chimera while you&#39;re
    debugging this.<br>
    <br>
        HTH,<br>
    <br>
        Greg<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 06/20/2016 01:18 PM, Subha
      Kalyaanamoorthy wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      <div dir="ltr"><font face="verdana, sans-serif">Hi There,</font>
        <div><font face="verdana, sans-serif"><br>
          </font></div>
        <div><font face="verdana, sans-serif">I am trying to call a
            script with Chimera commands(saved as sample.py file)  in
            another python program using os.system(&quot;chimera --nogui
            --nostats sample.py&quot;) and I get an module load error as
            below,</font></div>
        <div><font face="verdana, sans-serif"><br>
          </font></div>
        <div>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><span><font face="verdana, sans-serif">import chimera</font></span></p>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><span><font face="verdana, sans-serif">ImportError: No module named
                chimera</font></span></p>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><span><font face="verdana, sans-serif"><br>
              </font></span></p>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana,
              sans-serif">However, if I call the script with chimera it
              works, for eg., chimera --nogui --nostats sample.py typed
              directly in terminal is working.</font></p>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana,
              sans-serif"><br>
            </font></p>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana,
              sans-serif">Can anybody help fix this error?</font></p>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana,
              sans-serif"><br>
            </font></p>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana,
              sans-serif">Thanks in advance,</font></p>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana,
              sans-serif">Best Regards,</font></p>
          <p style="margin:0px;line-height:normal"><font face="verdana,
              sans-serif">Subha</font></p>
          <div><br>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Dr. Subha Kalyaanamoorthy<div>Post Doctoral Fellow</div><div>Faculty of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences</div><div>University of Alberta</div><div>Edmonton, Canada.</div><div><br></div></div></div>
</div>