<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Jochen,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Since it was pretty easy I went ahead and implemented your suggestion. &nbsp;It will be in the next daily build and release candidate.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div></div><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jun 13, 2016, at 1:30 AM, Jochen Baßler &lt;<a href="mailto:jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de" class="">jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><div class=""><div class=""><div class="">Hi Eric,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Yes, &nbsp;the new release candidate is having all the important information in the reply log file and it is shown below as Elaine indicated.</div><div class="">Thank you for this new feature. Maybe one could extend this a bit further?</div><div class="">Since these informations &nbsp;are already imported, one could implement them into the "select Chain" menu, which one can access via the model panel?</div><div class="">Then it would be very easy to click or select a protein of interest.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks for the feedback and the information. (The only bad point is that this new version is not running on my mac wit OSX 10.7, So I have to update also here…)</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best wishes</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Jochen</div><div class=""><br class=""></div></div></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><span id="OLK_SRC_BODY_SECTION" class=""><div style="font-family: Calibri; font-size: 11pt; text-align: left; border-width: 1pt medium medium; border-style: solid none none; padding: 3pt 0in 0in; border-top-color: rgb(181, 196, 223);" class=""><span style="font-weight:bold" class="">From: </span> Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" class="">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br class=""><span style="font-weight:bold" class="">Reply-To: </span> Mailing List &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br class=""><span style="font-weight:bold" class="">Date: </span> Friday, 10June, 2016 6:54 PM<br class=""><span style="font-weight:bold" class="">To: </span> J B &lt;<a href="mailto:jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de" class="">jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de</a>&gt;<br class=""><span style="font-weight:bold" class="">Cc: </span> Mailing List &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br class=""><span style="font-weight:bold" class="">Subject: </span> Re: [Chimera-users] Splitting an pdb with multiple proteins<br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; " class="">Hi Jochen,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Support for chain descriptions coming from mmCIF files (rather than PDB files) was only added after the 1.10.2 release. &nbsp;Please try the current 1.11 release candidate and see how that works.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">--Eric</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""><div class=""><div class="">On Jun 10, 2016, at 1:36 AM, Jochen Baßler wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;" class=""><div class=""><div class=""><div class="">Dear Elaine, Eric,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks a lot for your fast replay.</div><div class="">I imported 3jct and 5hau to test your suggestions, but the reply log just contained :</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">[MMLIB:WARNING] monomer description not found in zipfile for '4SU'</div><div class="">[MMLIB:WARNING] monomer description not found in zipfile for '5MC'</div></div><div class=""><br class=""></div><div class="">How can I activate the status message?</div><div class="">With the mouse I can see the chain number near the mouse pointer, but there is no information below at the main window.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">(I am running chimera version 1.10.2)</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best wishes</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Jochen</div><div class=""><div class=""><br class=""></div></div></div></div><div class=""><br class=""></div><span id="OLK_SRC_BODY_SECTION" class=""><div style="font-family: Calibri; font-size: 11pt; text-align: left; border-width: 1pt medium medium; border-style: solid none none; padding: 3pt 0in 0in; border-top-color: rgb(181, 196, 223);" class=""><span style="font-weight:bold" class="">From: </span> Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" class="">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br class=""><span style="font-weight:bold" class="">Date: </span> Friday, 10June, 2016 1:51 AM<br class=""><span style="font-weight:bold" class="">To: </span> "<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> BB" &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br class=""><span style="font-weight:bold" class="">Cc: </span> J B &lt;<a href="mailto:jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de" class="">jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de</a>&gt;<br class=""><span style="font-weight:bold" class="">Subject: </span> Re: [Chimera-users] Splitting an pdb with multiple proteins<br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">It is also listed in the reply log as the structure is opened.<div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div class=""><div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div></div><br class=""><div style="" class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jun 9, 2016, at 4:49 PM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Hi Jochen,<br class="">This information is already imported, and when you mouse over the chain, it is shown in the “status message” area across the bottom of the Chimera window. &nbsp;<br class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/chimerawindow.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/chimerawindow.html</a>&gt;<br class=""><br class="">I tested just now, and the information is retained and can be shown in the same way after “split” is used. &nbsp;However, it is not automatically used as the model names.<br class="">I hope this helps,<br class="">Elaine<br class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D. <br class="">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">University of California, San Francisco<br class=""><br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Jun 9, 2016, at 4:05 AM, Jochen Baßler &lt;<a href="mailto:jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de" class="">jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Hi,<br class=""><br class="">I´m frequently looking at pdb´s that contain multiple chains, like ribosomes or preribosomes (e.g. Pdb &nbsp;3JCT).<br class="">Is there a way to import the information from the pdb database, which tells you the name of the chains?<br class="">Chain A = rpl2<br class="">Chain B = Rpl4 etc.<br class="">Cool would be to split the pdb into multiple models that have the name from the pdb database.<br class="">(It is quite annoying to have a pdb with nearly 60 different chains and you have to spend half a day to rename the chains or to create individual models, before analyzing the structure)<br class=""><br class="">Thanks for suggestions and solutions<br class=""><br class="">Best wishes<br class=""><br class="">Jochen<br class=""><br class=""></blockquote><br class="">_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></span></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></span></div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>