<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div><div><div>Hi Eric,</div><div><br></div><div>Yes, &nbsp;the new release candidate is having all the important information in the reply log file and it is shown below as Elaine indicated.</div><div>Thank you for this new feature. Maybe one could extend this a bit further?</div><div>Since these informations &nbsp;are already imported, one could implement them into the "select Chain" menu, which one can access via the model panel?</div><div>Then it would be very easy to click or select a protein of interest.</div><div><br></div><div>Thanks for the feedback and the information. (The only bad point is that this new version is not running on my mac wit OSX 10.7, So I have to update also here&#8230;)</div><div><br></div><div>Best wishes</div><div><br></div><div>Jochen</div><div><br></div></div></div><div><br></div><div><br></div><span id="OLK_SRC_BODY_SECTION"><div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt"><span style="font-weight:bold">From: </span> Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br><span style="font-weight:bold">Reply-To: </span> Mailing List &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br><span style="font-weight:bold">Date: </span> Friday, 10June, 2016 6:54 PM<br><span style="font-weight:bold">To: </span> J B &lt;<a href="mailto:jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de">jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de</a>&gt;<br><span style="font-weight:bold">Cc: </span> Mailing List &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br><span style="font-weight:bold">Subject: </span> Re: [Chimera-users] Splitting an pdb with multiple proteins<br></div><div><br></div><div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Jochen,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Support for chain descriptions coming from mmCIF files (rather than PDB files) was only added after the 1.10.2 release. &nbsp;Please try the current 1.11 release candidate and see how that works.</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Eric Pettersen</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div><br><div><div>On Jun 10, 2016, at 1:36 AM, Jochen Ba▀ler wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div><div><div>Dear Elaine, Eric,</div><div><br></div><div>Thanks a lot for your fast replay.</div><div>I imported 3jct and 5hau to test your suggestions, but the reply log just contained :</div><div><br></div><div><div>[MMLIB:WARNING] monomer description not found in zipfile for '4SU'</div><div>[MMLIB:WARNING] monomer description not found in zipfile for '5MC'</div></div><div><br></div><div>How can I activate the status message?</div><div>With the mouse I can see the chain number near the mouse pointer, but there is no information below at the main window.</div><div><br></div><div>(I am running chimera version 1.10.2)</div><div><br></div><div>Best wishes</div><div><br></div><div>Jochen</div><div><div><br></div></div></div></div><div><br></div><span id="OLK_SRC_BODY_SECTION"><div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt"><span style="font-weight:bold">From: </span> Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br><span style="font-weight:bold">Date: </span> Friday, 10June, 2016 1:51 AM<br><span style="font-weight:bold">To: </span> "<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> BB" &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br><span style="font-weight:bold">Cc: </span> J B &lt;<a href="mailto:jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de">jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de</a>&gt;<br><span style="font-weight:bold">Subject: </span> Re: [Chimera-users] Splitting an pdb with multiple proteins<br></div><div><br></div><div><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">It is also listed in the reply log as the structure is opened.<div class=""><br class=""></div><div class="">&#8212;Eric</div><div class=""><br class=""><div class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div></div><br class=""><div style=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jun 9, 2016, at 4:49 PM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Hi Jochen,<br class="">This information is already imported, and when you mouse over the chain, it is shown in the &#8220;status message&#8221; area across the bottom of the Chimera window. &nbsp;<br class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/chimerawindow.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/chimerawindow.html</a>&gt;<br class=""><br class="">I tested just now, and the information is retained and can be shown in the same way after &#8220;split&#8221; is used. &nbsp;However, it is not automatically used as the model names.<br class="">I hope this helps,<br class="">Elaine<br class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D. <br class="">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">University of California, San Francisco<br class=""><br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Jun 9, 2016, at 4:05 AM, Jochen Ba▀ler &lt;<a href="mailto:jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de" class="">jochen.bassler@bzh.uni-heidelberg.de</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Hi,<br class=""><br class="">I┤m frequently looking at pdb┤s that contain multiple chains, like ribosomes or preribosomes (e.g. Pdb &nbsp;3JCT).<br class="">Is there a way to import the information from the pdb database, which tells you the name of the chains?<br class="">Chain A = rpl2<br class="">Chain B = Rpl4 etc.<br class="">Cool would be to split the pdb into multiple models that have the name from the pdb database.<br class="">(It is quite annoying to have a pdb with nearly 60 different chains and you have to spend half a day to rename the chains or to create individual models, before analyzing the structure)<br class=""><br class="">Thanks for suggestions and solutions<br class=""><br class="">Best wishes<br class=""><br class="">Jochen<br class=""><br class=""></blockquote><br class="">_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></span></div></blockquote></div><br></div></div></div></span></body></html>