<div dir="ltr"><div><div>Dear Sir/Madam<br></div>I have carried out MD simulations on a set of proteins belonging to a protein family. Further, I computed the water density around the protein and have the output in .dx format. I want to use Chimera to visualize the water density around the protein within 4  A. <br><br>For this, I loaded the protein and the .dx file in volume viewer, selecting the protein and changing the zone to 4 and generating results.  I want to have a comparison of water density across all proteins. I am unable to understand how to normalise the settings so that the results are comparable.  What I understand is to keep the step same. Additionally,  all the .dx files have different ranges which is obvious, what should be the value of level so that I can compare the water density across  different proteins? Should it be kept at a median value of the range or something else? Please help. If I keep everything default, the results are misleading. <br><br></div>Thanking you<br><br clear="all"><div><div><div><div><div>Yours sincerely<br></div><div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Nidhi Batra<br>DBT-Research Associate<br><span style="color:rgb(0,0,0)"><span><div>Institute of Genomics and Integrative Biology (IGIB),</div><div>Mathura Road, Sukhdev Vihar</div><div>New Delhi, INDIA 110020</div></span></span></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div>