<div dir="ltr"><div><div>Problem solved! thank you for your help.<br><br></div>Best wishes,<br></div>Linda<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 7, 2016 at 1:26 AM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Linda,<br>
When data is larger than some specified size, it automatically shows just a slice.  This prevents slow response opening huge stuff, but you can change the setting however you like.<br>
<br>
You can just change the size limit, or specify that you always want to see the whole data.  Volume Viewer menu: "Features… Data display options”  will show the relevant options in the dialog.  Then you can adjust or turn on/off “Show data when opened…. “ and “Show plane when data larger…” as desired.<br>
<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/volumeviewer.html#disp-options" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/volumeviewer.html#disp-options</a>><br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/framevolumeviewer.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/volumeviewer/framevolumeviewer.html</a>><br>
<br>
To save the settings for later uses, Volume Viewer menu: Features… Save default dialog settings.<br>
<span class="im HOEnZb">I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
</span><div class="HOEnZb"><div class="h5">> On Jun 6, 2016, at 3:08 PM, Franken, L.E. <<a href="mailto:l.e.franken@rug.nl">l.e.franken@rug.nl</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear chimera users,<br>
> I am running into troubles displaying a map of a 650x650x650 volume and I was wondering if there is a box size limit to chimera or what else could be the problem. The way it displays the 3D .mrc file is as a single slice rather than a volume. It will also go straight to solid display rather than surface, did anyone encounter such a problem before? I can open the map in coot and relion (slices), so I do not think that the map is corrupt. Thank you for your time.<br>
><br>
> Best wishes,<br>
> Linda<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>