
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">

<p>Hi,</p>

<p><br>

</p>

<p>I am trying to devise a way to highlight locations on a structure in Chimera while mousing over the sequence in Jalview.</p>

<p><br>

</p>

<p>My latest attempt tries to 'flash' the side-chain display at the residue position i.e. </p>

<p>- hide then show atoms (if currently displayed e.g. display is in atom mode)</p>

<p>- or show then hide atoms (if currently not displayed e.g. display is in ribbon mode)</p>

<p><br>

</p>

<p>I'm sending a command like</p>

<p><span>display #0:30.A;wait 20;~display #0:30.A</span><br>

</p>

<p><span>to the Rest service.</span></p>

<p><span><br>

</span></p>

<p><span>However while this seems to do what I want when used at the Chimera command line, via the Rest service it ignores the wait command, with the result that the action is too quick to see.</span></p>

<p><span><br>

</span></p>

<p><span>Any suggestions please for how to get this to work, or a better alternative?</span></p>

<p><span><br>

</span></p>

<p><span>Thanks,</span></p>

<p><span><br>

</span></p>

<p><span>Mungo</span></p>

<p><br>

</p>

<div id="Signature">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">

<div><span style="font-size:12pt">Mungo Carstairs<br style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">

Jalview Computational Scientist<br style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">The Barton Group</span><br style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">Division of Computational Biology</span><br style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">School of Life Sciences</span><br style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">

<span style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">University of Dundee, Dundee, Scotland, UK.</span><br style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">

<a href="http://www.jalview.org/" target="_blank" title="http://www.jalview.org/ Cmd+Click or tap to follow the link" style="font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)" id="LPNoLP">www.jalview.org</a><br style="color:rgb(33,33,33); font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)">

<a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/" target="_blank" style="font-family:wf_segoe-ui_normal,'Segoe UI','Segoe WP',Tahoma,Arial,sans-serif; background-color:rgb(255,255,255)" id="LPNoLP">www.compbio.dundee.ac.uk</a><br>

</span></div>

</div>

</div>

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>