<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Great Elaine,<div class=""><br class=""></div><div class="">Many thanks. As always indebted.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">George</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 27 May 2016, at 20:02, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi George,<div class="">You can define centroids and measure the distance between them, and define planes and measure the angle between them. &nbsp;You can do this for specific snapshots, or in MD Movie you can define a per-frame script and have it execute at every frame and report results to the Reply Log.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">In my example data (PDB 1plx, NMR ensemble opened as trajectory from MD Movie), I tried this per-frame script (MD Movie menu: Per-FrameÖ Define script), Chimera commands:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">echo frame: &lt;FRAME&gt;<br class="">define centroid number 1 radius 0.5 :1@cg,cd1,cd2,ce1,ce2,cz<br class="">define plane number 1 :1@cg,cd1,cd2,ce1,ce2,cz<br class="">define centroid number 2 radius 0.5 :4@cg,cd1,cd2,ce1,ce2,cz<br class="">define plane number 2 :4@cg,cd1,cd2,ce1,ce2,cz<br class="">distance c1 c2<br class="">angle p1 p2<br class=""><br class=""></div><div class="">Ö which gave output like this in the Reply Log:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">[Ö]</div><div class="">frame: 09<br class="">centroid name, ID, center: centroid: c1 ( -2.594, &nbsp; 2.758, &nbsp;-1.103)<br class="">plane name, ID, center, normal, radius: plane: p1 ( -2.594, &nbsp; 2.758, &nbsp;-1.103) ( 0.798, -0.576, -0.180) 1.399<br class="">centroid name, ID, center: centroid: c2 ( &nbsp;2.361, &nbsp;-0.549, &nbsp; 1.599)<br class="">plane name, ID, center, normal, radius: plane: p2 ( &nbsp;2.361, &nbsp;-0.549, &nbsp; 1.599) (-0.725, &nbsp;0.288, -0.626) 1.395<br class="">Distance from c1 to c2 is 6.541<br class="">Angle between p1 and p2 is 50.860</div><div class="">frame: 10<br class="">centroid name, ID, center: centroid: c1 ( -2.613, &nbsp; 3.441, &nbsp;-0.814)<br class="">plane name, ID, center, normal, radius: plane: p1 ( -2.613, &nbsp; 3.441, &nbsp;-0.814) (-0.650, &nbsp;0.693, &nbsp;0.310) 1.399<br class="">centroid name, ID, center: centroid: c2 ( &nbsp;1.560, &nbsp;-0.777, &nbsp; 1.955)<br class="">plane name, ID, center, normal, radius: plane: p2 ( &nbsp;1.560, &nbsp;-0.777, &nbsp; 1.955) (-0.749, &nbsp;0.092, -0.657) 1.394<br class="">Distance from c1 to c2 is 6.548<br class="">Angle between p1 and p2 is 69.698<br class=""></div><div class="">[Ö]</div><div class=""><br class=""></div><div class="">You would give different residue numbers and atom names to define the centroids and planes in your own data, but otherwise it would be basically similar.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I also attached an image of my example system with the centroids and planes shown.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I hope this helps,</div><div class="">Elaine</div><div class=""><div class="">-----<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br class="">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">University of California, San Francisco<br class=""><br class=""><span id="cid:7EE394CC-E7D3-4997-819E-1850C693D183@gateway.sonic.net">&lt;1plx-image.png&gt;</span></div><br class="">On May 27, 2016, at 1:30 AM, George Tzotzos &lt;<a href="mailto:gtzotzos@me.com" class="">gtzotzos@me.com</a>&gt; wrote:<br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">Having generated a 100ns trajectory, Iím interested in measuring the time evolution of the distance between to aromatic ring&nbsp;centroids as well as the angle between the planes of these two rings. The idea is to determine if Iím dealing with pi-pi stacking&nbsp;interactions.<br class=""><br class="">Iíve check past correspondence and tried various permutations of commands to no avail. Maybe my best option is to do this for&nbsp;selected snapshots and define for each snapshot two centroids (e.g. c1 and c2) and measure the distance c1 c2. I havenít&nbsp;managed to find a solution for measuring the angles between the two planes defined by the ring atoms.<br class=""><br class="">Iíd appreciate any suggestions on possible solutions to the problem described above. Iím attaching a snapshot of measuring&nbsp;distances between two atoms (not really a good solution).<br class=""><br class="">Thanks in advance<br class=""><br class="">George<br class=""><br class=""><span class="">&lt;PastedGraphic-2.pdf&gt;</span><br class=""><br class=""><br class="">_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></blockquote><br class=""></div></div></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>