<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hi George,<div>You can define centroids and measure the distance between them, and define planes and measure the angle between them. &nbsp;You can do this for specific snapshots, or in MD Movie you can define a per-frame script and have it execute at every frame and report results to the Reply Log.</div><div><br></div><div>In my example data (PDB 1plx, NMR ensemble opened as trajectory from MD Movie), I tried this per-frame script (MD Movie menu: Per-FrameÖ Define script), Chimera commands:</div><div><br></div><div>echo frame: &lt;FRAME&gt;<br>define centroid number 1 radius 0.5 :1@cg,cd1,cd2,ce1,ce2,cz<br>define plane number 1 :1@cg,cd1,cd2,ce1,ce2,cz<br>define centroid number 2 radius 0.5 :4@cg,cd1,cd2,ce1,ce2,cz<br>define plane number 2 :4@cg,cd1,cd2,ce1,ce2,cz<br>distance c1 c2<br>angle p1 p2<br><br></div><div>Ö which gave output like this in the Reply Log:</div><div><br></div><div>[Ö]</div><div>frame: 09<br>centroid name, ID, center: centroid: c1 ( -2.594, &nbsp; 2.758, &nbsp;-1.103)<br>plane name, ID, center, normal, radius: plane: p1 ( -2.594, &nbsp; 2.758, &nbsp;-1.103) ( 0.798, -0.576, -0.180) 1.399<br>centroid name, ID, center: centroid: c2 ( &nbsp;2.361, &nbsp;-0.549, &nbsp; 1.599)<br>plane name, ID, center, normal, radius: plane: p2 ( &nbsp;2.361, &nbsp;-0.549, &nbsp; 1.599) (-0.725, &nbsp;0.288, -0.626) 1.395<br>Distance from c1 to c2 is 6.541<br>Angle between p1 and p2 is 50.860</div><div>frame: 10<br>centroid name, ID, center: centroid: c1 ( -2.613, &nbsp; 3.441, &nbsp;-0.814)<br>plane name, ID, center, normal, radius: plane: p1 ( -2.613, &nbsp; 3.441, &nbsp;-0.814) (-0.650, &nbsp;0.693, &nbsp;0.310) 1.399<br>centroid name, ID, center: centroid: c2 ( &nbsp;1.560, &nbsp;-0.777, &nbsp; 1.955)<br>plane name, ID, center, normal, radius: plane: p2 ( &nbsp;1.560, &nbsp;-0.777, &nbsp; 1.955) (-0.749, &nbsp;0.092, -0.657) 1.394<br>Distance from c1 to c2 is 6.548<br>Angle between p1 and p2 is 69.698<br></div><div>[Ö]</div><div><br></div><div>You would give different residue numbers and atom names to define the centroids and planes in your own data, but otherwise it would be basically similar.</div><div><br></div><div>I also attached an image of my example system with the centroids and planes shown.</div><div><br></div><div>I hope this helps,</div><div>Elaine</div><div><div>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br><img height="374" width="407" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="B59F783F-7E82-493B-A2A0-63882BECA122" src="cid:7EE394CC-E7D3-4997-819E-1850C693D183@gateway.sonic.net"></div><br>On May 27, 2016, at 1:30 AM, George Tzotzos &lt;<a href="mailto:gtzotzos@me.com">gtzotzos@me.com</a>&gt; wrote:<br><br><blockquote type="cite">Having generated a 100ns trajectory, Iím interested in measuring the time evolution of the distance between to aromatic ring&nbsp;centroids as well as the angle between the planes of these two rings. The idea is to determine if Iím dealing with pi-pi stacking&nbsp;interactions.<br><br>Iíve check past correspondence and tried various permutations of commands to no avail. Maybe my best option is to do this for&nbsp;selected snapshots and define for each snapshot two centroids (e.g. c1 and c2) and measure the distance c1 c2. I havenít&nbsp;managed to find a solution for measuring the angles between the two planes defined by the ring atoms.<br><br>Iíd appreciate any suggestions on possible solutions to the problem described above. Iím attaching a snapshot of measuring&nbsp;distances between two atoms (not really a good solution).<br><br>Thanks in advance<br><br>George<br><br><span>&lt;PastedGraphic-2.pdf&gt;</span><br><br><br>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></blockquote><br></div></body></html>