<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Ardan,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Sounds like you want the molmap calculated map to have a grid that exactly matches a second map which is a cube centered on the molecule. &nbsp;The way to do that is compute the molmap in the normal way then use “vop resample” to interpolate the molmap map on exactly the grid of the second map. &nbsp;This is more reliable than trying to figure out the molecule center and make a matching cube map without using the second map. &nbsp;I can think of at least 3 reasonable ways to define the center (equal weighted atoms, mass weighted atoms, bounding box center) and it is just too easy to get a grid that doesn’t really match the second map. &nbsp;So if #0 is your molecule and #1 is your second map use</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>molmap #0 5 gridSpacing 1.3 model #2</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vop resample #2 onGrid #1 model #3</div><div class=""><br class=""></div><div class="">then map #3 will exactly match the grid of map #1. &nbsp;The interpolation is trilinear (using nearest 8 grid points) and will be very close to the exact values you would obtain by using the second map grid to sum the atom Gaussians. &nbsp;If you really want the exact sum of Gaussians on the second map grid with no interpolation step I can give you a Chimera Python script that will do that.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On May 26, 2016, at 12:43 AM, Ardan Patwardhan &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Dear all<div class=""><br class=""></div><div class="">We are using Chimera to align PDB models to maps, then creating maps from the models using the following command (as an example):</div><div class="">molmap #0 5 gridSpacing 1.3</div><div class=""><br class=""></div><div class="">This should create a map with the voxel spacing of 1.3A and a gaussian atom spread function with the width related to 5A resolution (<a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html" class="">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html</a>).</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Our problem is</div><div class="">a) the map that is created can have an arbitrary size - we need it to be cubic and have the same (known) dimensions as the second map against which it will be compared</div><div class="">b) we have tried padding it in other programs like bsoft but then we sometimes run into problems of centring the model.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I was wondering if there was a way to get a centred map of a certain size from a model directly from Chimera?</div><div class="">Perhaps there are certain parameters that can be used in molmap?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">You thoughts and advice on this issue are much appreciated!</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Many thanks and best wishes</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">Ardan Patwardhan</div><div class="">Coordinator - cellular structure &amp; PDBe production<br class="">Protein Data Bank in Europe (PDBe)</div><div class="">European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)&nbsp;European Molecular Biology Laboratory<br class="">Wellcome Trust Genome Campus<br class="">Hinxton,&nbsp;Cambridge CB10 1SD<br class="">Tel: +44 1223 492649</div></div></div>
</div>
<br class=""></div></div>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>