<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Dear all<div><br></div><div>We are using Chimera to align PDB models to maps, then creating maps from the models using the following command (as an example):</div><div>molmap #0 5 gridSpacing 1.3</div><div><br></div><div>This should create a map with the voxel spacing of 1.3A and a gaussian atom spread function with the width related to 5A resolution (<a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html</a>).</div><div><br></div><div>Our problem is</div><div>a) the map that is created can have an arbitrary size - we need it to be cubic and have the same (known) dimensions as the second map against which it will be compared</div><div>b) we have tried padding it in other programs like bsoft but then we sometimes run into problems of centring the model.</div><div><br></div><div>I was wondering if there was a way to get a centred map of a certain size from a model directly from Chimera?</div><div>Perhaps there are certain parameters that can be used in molmap?</div><div><br></div><div>You thoughts and advice on this issue are much appreciated!</div><div><br></div><div>Many thanks and best wishes</div><div><br></div><div><div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div>Ardan Patwardhan</div><div>Coordinator - cellular structure &amp; PDBe production<br>Protein Data Bank in Europe (PDBe)</div><div>European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)&nbsp;European Molecular Biology Laboratory<br>Wellcome Trust Genome Campus<br>Hinxton,&nbsp;Cambridge CB10 1SD<br>Tel: +44 1223 492649</div></div></div>
</div>
<br></div></body></html>