<div dir="ltr"><div><div>Hi, Matchmaker takes a *really* long time when dealing with long chains, particularly if it has been (unwisely/accidentally) directed to find the best matching pair of chains. <br><br>This is as expected, but as Chimera is unresponsive while this happens, if the wrong matchmaker parameters are accidentally selected, there is no way to recover the session except by waiting for the operation to complete or force-quitting the app. If feasible, maybe in ChimeraX it would be useful to execute this operation in a manner that allows for cancelling a structural alignment in progress? And perhaps displaying an estimate of time to completion in the taskbar?<br><br></div>Cheers,<br></div>Oli.<br></div>