<div dir="ltr"><div>Dear all,</div><div><br></div>A follow up on Tom&#39;s suggestion. I have tested MeshLab. It does indeed have functions that can be used to reduce internal surfaces (<a href="https://www.youtube.com/watch?v=9EHJQd3SREE">https://www.youtube.com/watch?v=9EHJQd3SREE</a>) but it&#39;s far from a good solution. It is based on assigning a value to vertices based on visibility (Ambient Occlusion) and then removing the ones that have low scores. In a ribbon model, however, it often opens holes for example on the inside of a helix and it leaves many internal structures untouched.<div><br></div><div>All the best,<br><br>Jakob</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 15 April 2016 at 21:29, Tom Goddard <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Jakob,<div><br></div><div>  We discussed the excessive STL vertices in atoms and bonds last week and I put a fix into the daily build and release candidate. </div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2016-April/012134.html" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2016-April/012134.html</a></div><div><br></div><div>Apparently you are not using those versions since your images show the high vertex density.  I’ve attached an image using the current Chimera release candidate that shows reasonable vertex density.</div><div><br></div><div>  Unfortunately eliminating internal structures and stitching together meshes for atoms, bonds and ribbons at the seams is very difficult.  Yes $10000 CAD software packages can do it but we don’t have the resources to solve that problem.  Since every 3d printer has to deal with this problem I expect the printer software to be able to handle it, but perhaps it is too hard a problem for the 3d printer companies as well.  Perhaps there is free software that can eliminate internal structures and stitch mesh intersecting edges together, I have not researched it — I’d start looking at MeshLab.</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>Tom</div><div><br></div><div><img height="385" width="478" src="cid:74C2A79B-CEC3-4A5F-8990-39DF7EEB87EC@cgl.ucsf.edu"><br><div><blockquote type="cite"><span class=""><div>On Apr 15, 2016, at 4:33 AM, Jakob Suckale wrote:</div><br></span><div><div dir="ltr"><span class="">Dear Chimera developers,<div><br></div><div>Chimera has the great feature of STL export, very useful for 3D printing models for research and teaching. May I make two suggestion to improve this feature even further.</div><div><br></div><div><br></div><div>1 - Remove invisible internal and therefore unnecessary structures.</div><div><br></div><div>Chimera generates a lot of internal structures that complicate printing and are pointless for STLs. This includes inside surfaces at the end of ribbon cartoons (red below).</div></span><div><span>&lt;Screen Shot 2016-04-15 at 13.24.44.png&gt;</span> </div><span class=""><div>as well as copious amounts of invisible internal surfaces for wire and ball and stick models.</div></span><div><span>&lt;Screen Shot 2016-04-15 at 13.27.36.png&gt;</span><br></div><span class=""><div>If these were automatically removed, STLs would not only be much smaller but also much easier to print without remashing.</div><div><br></div><div><br></div><div>2 - Reduce the number of vertices for atom models. </div><div><br></div><div>Ribbon conversion to vertices is already good, but as can bee seen above atom models are converted using far too many vertices inflating the resulting STL files. I&#39;m aware that this has been discussed and listed previously as a bug but the problem remains and makes for difficult to use STLs and bad 3D prints.</div><div><br></div><div>Best regards,<br><br><br></div><div>Jakob Suckale, PhD<br>Lecturer in Biochemistry<br>University of Tübingen<br><a href="tel:%2B49-7071-29-73363" value="+4970712973363" target="_blank">+49-7071-29-73363</a></div></span></div>
_______________________________________________<br>Chimera-dev mailing list<br><a href="mailto:Chimera-dev@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-dev@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div>