<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Apr 26, 2016, at 11:30 AM, Jérémie KNOOPS [531802] &lt;<a href="mailto:Jeremie.KNOOPS@umons.ac.be" class="">Jeremie.KNOOPS@umons.ac.be</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><span style="font-family: Tahoma; font-size: 13px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; float: none; display: inline !important;" class="">I have an additional question : what's the way to restrict the residues to search for hbond donors &amp; acceptors with python commands?</span><br style="font-family: Tahoma; font-size: 13px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class=""></div></blockquote><br class=""></div><div>I overlooked this question on my first read. &nbsp;You do it by specifying the donors/acceptors keywords in the findHBonds() call. &nbsp;The simplest way to do that is to select the residues you want to restrict the search to, by whatever means you find convenient, and then in the script:</div><div><br class=""></div><div>from chimera.selection import currentAtoms</div><div>donors = acceptors = currentAtoms()</div><div><br class=""></div><div><br class=""></div>…and the end of the FindHBonds call in the script would be modified to look like:<div class=""><br class=""></div><div class="">…, cacheDA=True, donors=donors, acceptors=acceptors))</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div></div><br class=""></div><div><blockquote type="cite" class=""></blockquote></div></div></body></html>