<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Yasser,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; I added a feature request for a command to measure surface areas where a surface parameter like electrostatic potential is in a specified range. &nbsp;I think this makes more sense as a command than a mouse mode because you need to specify both the parameter of interest and the numeric range for that parameter. &nbsp;We’ll try to make such a command in our next generation ChimeraX program.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Apr 13, 2016, at 5:53 AM, Yasser Almeida Hernández wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div class=""><div class="">Thanks for your reply! with a few modifications, I think I can do what I want.<br class=""><br class=""></div>On the other hand, it would be great that in futures developments of Chimera, create a mouse selection tool for surfaces patches, something like a "magic wound" like graphical packages like Photoshop or Gimp. In principle the idea would be select a surface according to a threshold value (ej. electrostatic potential) set by the user. With this, several selections could be created/added/subtracted, calculating the surface area and the ratio respect with the total area.<br class=""><br class=""></div>Regards<br class=""><br class=""></div>Yasser<br class=""></div><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">2016-04-12 18:53 GMT+02:00 Elaine Meng:<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Note that this script gets the area of the patches that are more red than blue, which is traditionally the part with negative potential.&nbsp; You could either subtract from the total area to get the positive-potential area, or do the coloring the opposite of the conventional way.<br class="">
<span class="HOEnZb"><font color="#888888" class=""><br class="">
Elaine<br class="">
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br class="">
&gt; On Apr 12, 2016, at 9:45 AM, Elaine Meng wrote:<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; Hi Yasser,<br class="">
&gt; I believe Tom Goddard wrote a python script to do this a couple years ago…&nbsp; it is described in this previous post, with link for getting the script:<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; &lt;<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2013-December/009401.html" rel="noreferrer" target="_blank" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2013-December/009401.html</a>&gt;<br class="">
&gt;<br class="">
&gt; I hope this helps,<br class="">
&gt; Elaine<br class="">
&gt; ----------<br class="">
&gt; Elaine C. Meng, Ph.D.<br class="">
&gt; UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">
&gt; Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">
&gt; University of California, San Francisco<br class="">
&gt;<br class="">
&gt;&gt; On Apr 12, 2016, at 1:25 AM, Yasser Almeida Hernández &nbsp;wrote:<br class="">
&gt;&gt;<br class="">
&gt;&gt; Hi all,<br class="">
&gt;&gt; I did some calculations of the electrostatic potential using APBS and Delphi. I want to calculate the surface area of a positive patch in my protein.<br class="">
&gt;&gt; There is a way to select and compute the surface area/patch, filtering by the electrostatic surface value?<br class="">
&gt;&gt; Thanks in advance<br class="">
&gt;&gt; Yasser<br class="">
<br class="">
</div></div></blockquote></div><br class=""></div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>