Hi Tom,<br>Very nice example. Really big help! Just updated to the newest Chimera version, done!<br>Thanks again for your time and patience.<br><br>Chen<br><br><br>> -----Original Messages-----<br>> From: "Tom Goddard" <goddard@sonic.net><br>> Sent Time: Wednesday, April 13, 2016<br>> To: "Cheng-Chen Xu" <xucc@wh.iov.cn><br>> Cc: <br>> Subject: Re: [Chimera-users] fivefold rotate command<br>> <br>> Hi Chen,<br>> <br>>   Yes you can rotate the pentamers of a T=1 icosahedral capsid in Chimera using the “turn” and “sym” commands.  The hardest part is figuring out the direction of the 5-fold axis.  Here’s an example<br>> <br>>    open 2bpa<br>>       open 2bpa<br>>       sym #1 update true coord #0<br>>         # Select opposite pentamers by hand (10 monomers total) with mouse and up-arrow key<br>>         define axis sel<br>>    turn a1 5 model #1<br>> <br>> I open 2 copies of the virus, the first copy (#0) just serves as a reference coordinate system when I move the second copy (#1).  The sym command makes the 60 copies of #1 for the full virus and the “update” option says to update all the positions when copy #1 moves relative to #0.  Then I define an axis (called a1) by selecting two opposite pentamers including the #1 monomer.  Then I rotate monomer #1 about that axis by 5 degrees, and all the other 60 copies will move automatically to maintain symmetry.  Here’s a movie illustrating the motion.<br>> <br>>    http://www.cgl.ucsf.edu/home/goddard/temp/spin_5fold.mp4<br>> <br>>   Tom<br>> <br>> <br>> > On Apr 11, 2016, at 8:42 PM, Cheng-Chen Xu wrote:<br>> > <br>> > Hi Chimera,<br>> > Is there anyway to rotate each pentamer around its own fivefold axis separately and simultaneously when dealing with a T=1 icosahedral virus capsid?<br>> > Many thanks,<br>> > <br>> > Chen<br>> > <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > _______________________________________________<br>> > Chimera-users mailing list: Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>> > Manage subscription: http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br>> <br><br><br><br>