<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div>Hi,<br></div><br></div>When I want to show electron density around, for example, a single alpha helix in a structure, there are a couple of options in chimera - one would be to use vop zone, which I don&#39;t like for this purpose, because it creates a new map that can be recontoured (so one can&#39;t see where the original map has been cut). The sop analog of this, sop zone, works quite well for the purpose, but there is no easy way that I can find to cap the holes that are created in the mesh - I want to do this so that I can make it obvious where &quot;carving&quot; the map has affected the shape of the resultant map, or has truncated connected regions that are not displayed. <br><br>Would it be possible to add such an option in ChimeraX? Or having an option to represent the inside of a surface differently from the outside would do the trick also. <br><br>For the moment I have a work around (used in the attached pic):<br></div>1. Create a mesh.<br></div>2. Duplicate the mesh, change to surface rep and set transparency to 0.001.<br></div>3. Create a copy of this surface, change the transparency to 0.99 and increase the volume level by 0.001.<br><br></div>Cheers,<br></div>Oli.<br><br><br><br><br></div>