<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div>Friends,<br></div><div>I have a task to calculate how much is the buried SASA during formation of a bi-domain protein. The usual relation to obtain is (SAS-domain1 + SAS-domain2) - SAS-complete<br><br></div>I have a difficulty to understand how the calculation is performed in Chimera. As a test case, i used the 1crn.pdb and performed using MSMS and in Chimera.<br><div><div><div><div><br></div><div><b>MSMS calculation</b> (Input:<font face="Serif sans, serif"> msms   -if  1crn.xyzr   -probe_radius   1.5   
-density   3.0</font>)
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%"><span style="color:rgb(255,0,0)">C</span><font face="Serif sans, serif"><span style="color:rgb(255,0,0)">omplete
system</span> SAS = 3054.258 ,  (<span style="color:rgb(255,0,0)">residue 1-23</span>) pA = 2143.122 , (<span style="color:rgb(255,0,0)">residue
24-46</span>)  pB = 2324.809,  hence total buried =  (
pA + pB)  -    3054.258 =   1413.673</font></p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%">

</p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%"><b><font face="Serif sans, serif">Chimer
calculation</font></b></p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%"><font face="Serif sans, serif">surf
 #0  (Reply
log: SAS = 3022.61</font>)</p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%">

</p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%"><font face="Serif sans, serif">measure
buriedArea  :1-23  :24-46  probeRadius 1.5 vertexDensity 3.0</font></p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%"><font face="Serif sans, serif">Status
line : SAS = 697.876, SES = 423.938</font></p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%">

</p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%"><font face="Serif sans, serif">Reply
log: <b>Buried solvent accessible surface area</b></font></p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%"><font face="Serif sans, serif">B1SAS
= 681.191, B2SAS = 714.56, BaveSAS = 697.876</font></p>
<p style="margin-bottom:0in;line-height:100%"><font face="Serif sans, serif">(A1
= 2116.11, A2 = 2302.43, A12 = 3022.79 = 1434.92 + 1587.86)</font></p>

</div><div><br></div><div>I am not getting the calculation (and the motive as well) of the  BaveSAS in the following part of the code. <br><br>q1) What is Chimera actually doing here <br>q2) Which one i should report, raw buried SAS or BaveSAS in your opinion ?<br><br>----------------------------------<br>for ai,a in enumerate(atoms1):<br>    a.buriedSESArea = aareas1[ai,0] - aareas12[ai,0]<br>    a.buriedSASArea = aareas1[ai,1] - aareas12[ai,1]<br>    ases121 += aareas12[ai,0]<br>    asas121 += aareas12[ai,1]<br>for ai,a in enumerate(atoms2):<br>    a.buriedSESArea = aareas2[ai,0] - aareas12[n1+ai,0]<br>    a.buriedSASArea = aareas2[ai,1] - aareas12[n1+ai,1]<br>    ases122 += aareas12[n1+ai,0]<br>    asas122 += aareas12[n1+ai,1]<br>careas1, careas2, careas12 = s1[4], s2[4], s12[4]<br>ases1, asas1 = area_sums(careas1)<br>ases2, asas2 = area_sums(careas2)<br>ases12, asas12 = area_sums(careas12)<br>bsas1 = asas1 - asas121<br>bsas2 = asas2 - asas122<br>bsas = 0.5 * (bsas1 + bsas2)<br>bses1 = ases1 - ases121<br>bses2 = ases2 - ases122<br>bses = 0.5 * (bses1 + bses2)<br><br></div><div>Thanks,<br></div><div>Bala<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br><br></div><div><br><br>-- <br><div>C. Balasubramanian<br></div>
</div></font></span></div></div></div></div>
</div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature">C. Balasubramanian<br></div>
</div>