<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Turns out the "shape triangle" command is only in the Chimera daily build, not the current production version. &nbsp;The daily build is available on the Chimera download page and is usually as reliable as the production version.<div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Mar 8, 2016, at 6:20 PM, Henrique C. S. Junior wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace"><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px">That is weird, I'm receiving the message "Unknown shape: triangle" but the command line does recognize shape tube and etc.</div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px">I'm on Chimera 1.10.2 (b 40686) - Win 32.</div></div></div><div class="gmail_extra"><br class=""><div class="gmail_quote">2016-03-08 14:47 GMT-03:00 Henrique C. S. Junior :<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr" class=""><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">Dear Elaine, thank you for your kind reply, your answers are always very complete.</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">I'll give it a try ASAP.</div></div><div class="gmail_extra"><div class=""><div class="h5"><br class=""><div class="gmail_quote">2016-03-08 14:28 GMT-03:00 Elaine Meng :<br class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word" class="">Dear Henrique,<div class="">You can use the “shape triangle” command to draw a triangle with three specified atoms at the points.&nbsp; You’d open the structure and then specify the 3 atoms (either by name and residue number, or by selection) in the command.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">For example, commands:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">open 4ysa</div><div class="">shape triangle atoms :401.A@CU:143.A@ND1:148.A@SD color sky blue</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Or it may be easier for you to use selection instead of giving the residue numbers and atom names.&nbsp; Just Ctrl-click the first atom and then Shift-Ctrl-click the second and third atoms.&nbsp; When you have the three atoms you want selected, you could use this simpler command:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">shape triangle atoms sel color orange</div><div class="">~select</div><div class=""><br class=""></div><div class="">… where ~select just clears (deselects) the selection.&nbsp; Details of “shape triangle”:</div><div class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/shape.html#triangle" target="_blank" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/shape.html#triangle</a>&gt;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Example image attached below.&nbsp; The triangles are created as new models listed in the Model Panel, and you can hide or close them.&nbsp; Maybe it would work to make two triangles for your Cu2O2 case.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">A completely different way would be to create a BILD format text file with “.polygon” descriptions &nbsp;of triangles and reading it in to Chimera.&nbsp; However, that is usually more bother since it requires creating a separate file.&nbsp; BILD format:</div><div class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/bild.html" target="_blank" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/bild.html</a>&gt;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I hope this helps,</div><div class="">Elaine<br class=""><div class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;<br class="">UCSF&nbsp;Computer&nbsp;Graphics&nbsp;Lab&nbsp;(Chimera&nbsp;team)&nbsp;and&nbsp;Babbitt&nbsp;Lab<br class="">Department&nbsp;of&nbsp;Pharmaceutical&nbsp;Chemistry<br class="">University&nbsp;of&nbsp;California,&nbsp;San&nbsp;Francisco<br class=""><br class=""><span id="cid:3451485B-DC20-4C4E-A0FA-32B8B21A7816@compbio.ucsf.edu">&lt;image.png&gt;</span></div><span class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Mar 8, 2016, at 5:23 AM, Henrique C. S. Junior &nbsp;wrote:<br class=""><br class="">Dear Chimera list,<br class="">As a inorganic chemist sometimes I have to deal with a variety of bridges (see image attached for an example) and it'd be very useful&nbsp;and didactic if I could create a little plane (like a distorted square) inside this bridges to mark different properties.<br class="">Is this possible in Chimera?<br class=""><br class="">Thank you in advance.<br class=""></blockquote><br class=""></span></div></div></blockquote></div><br class=""><br clear="all" class=""><div class=""><br class=""></div></div></div><span class="">-- <br class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><span style="color:rgb(139,139,139)" class=""><font face="monospace, monospace" class=""><b class=""><font color="#808080" class="">Henrique C. S. Junior</font></b><br class="">Químico Industrial - UFRRJ</font></span></div><div dir="ltr" class=""><span style="color:rgb(139,139,139)" class=""><font face="monospace, monospace" class="">Mestrando em Química Inorgânica - UFRRJ<br class="">Centro de Processamento de Dados - PMP</font><br class=""></span></div></div></div></div></div></div>
</span></div>
</blockquote></div><br class=""><br clear="all" class=""><div class=""><br class=""></div>-- <br class=""><div class="gmail_signature"><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class=""><div dir="ltr" class=""><span style="color:rgb(139,139,139)" class=""><font face="monospace, monospace" class=""><b class=""><font color="#808080" class="">Henrique C. S. Junior</font></b><br class="">Químico Industrial - UFRRJ</font></span></div><div dir="ltr" class=""><span style="color:rgb(139,139,139)" class=""><font face="monospace, monospace" class="">Mestrando em Química Inorgânica - UFRRJ<br class="">Centro de Processamento de Dados - PMP</font><br class=""></span></div></div></div></div></div></div>
</div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>