<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Dear Henrique,<div class="">You can use the “shape triangle” command to draw a triangle with three specified atoms at the points.  You’d open the structure and then specify the 3 atoms (either by name and residue number, or by selection) in the command.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">For example, commands:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">open 4ysa</div><div class="">shape triangle atoms :401.A@CU:143.A@ND1:148.A@SD color sky blue</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Or it may be easier for you to use selection instead of giving the residue numbers and atom names.  Just Ctrl-click the first atom and then Shift-Ctrl-click the second and third atoms.  When you have the three atoms you want selected, you could use this simpler command:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">shape triangle atoms sel color orange</div><div class="">~select</div><div class=""><br class=""></div><div class="">… where ~select just clears (deselects) the selection.  Details of “shape triangle”:</div><div class=""><<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/shape.html#triangle" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/shape.html#triangle</a>></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Example image attached below.  The triangles are created as new models listed in the Model Panel, and you can hide or close them.  Maybe it would work to make two triangles for your Cu2O2 case.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">A completely different way would be to create a BILD format text file with “.polygon” descriptions  of triangles and reading it in to Chimera.  However, that is usually more bother since it requires creating a separate file.  BILD format:</div><div class=""><<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/bild.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/bild.html</a>></div><div class=""><br class=""></div><div class="">I hope this helps,</div><div class="">Elaine<br class=""><div class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D. <br class="">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">University of California, San Francisco<br class=""><br class=""><img height="338" width="407" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="65F58963-EC4D-4F70-8B3A-77C68B052F9F" src="cid:3451485B-DC20-4C4E-A0FA-32B8B21A7816@compbio.ucsf.edu" class=""></div><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Mar 8, 2016, at 5:23 AM, Henrique C. S. Junior <<a href="mailto:henriquecsj@gmail.com" class="">henriquecsj@gmail.com</a>> wrote:<br class=""><br class="">Dear Chimera list,<br class="">As a inorganic chemist sometimes I have to deal with a variety of bridges (see image attached for an example) and it'd be very useful and didactic if I could create a little plane (like a distorted square) inside this bridges to mark different properties.<br class="">Is this possible in Chimera?<br class=""><br class="">Thank you in advance.<br class=""></blockquote><br class=""></div></body></html>