<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Jakob,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; With the 3d printer software we use (Catalyst) a key step to set up the print job is to position and scale the model in the printable region. &nbsp;I’m surprised if the print software you use does not allow that.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; But here are details to understand the coordinates you get using File / Export Scene… in Chimera. &nbsp;When you open a PDB model the atom coordinates are in crystallographic coordinate frame — it could be centered anywhere and oriented any way depending on how it is positioned in the crystal. &nbsp;The units are always in Angstroms. &nbsp;If you use Chimera Export Scene after opening a PDB model without moving it, then you get exactly those crystallographic coordinates. &nbsp;If you rotate the model with the mouse before exporting then it will be rotated in the STL output. &nbsp;To get it back to the initial orientation in Chimera use the “reset” command (menu Favorites / Command Line).</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Chimera doesn’t have a simple way to position in absolute coordinates nor scale the coordinates since these are rarely needed. &nbsp;But here is an idea if you need to do that. &nbsp;First make a low resolution (5 A) density map from the PDB model</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>molmap #0 5 grid 1 modelId #1</div><div class=""><br class=""></div><div class="">That map will align with the PDB. &nbsp;But we can change that so one corner is at the 0,0,0 origin and show an outline box around it using command</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>volume #1 origin 0,0,0 showOutline true</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Now it won’t align with the PDB model but you can see how the PDB model is positioned in this box. &nbsp;Then you could move the PDB with some other commands (e.g. "move y 15 model #0" or "turn z 20 model #0”), or with the mouse by freezing the motion of the map using Model Panel (Favorites menu) and clicking the Active button (“A” column) off for the map. &nbsp;When you export STL hide the map using the Model Panel show button so it is not included in the output.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img height="293" width="456" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="730572C3-F21C-469C-AD37-C6D34705809C" src="cid:4B005D51-B572-4D2A-8A9C-E773E9855B6C@cgl.ucsf.edu" class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Mar 7, 2016, at 2:39 AM, Jakob Suckale wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Dear Chimera team,<br class=""><br class="">What determines the position of objects in space?<br class=""><br class="">I have done some testing with tubulin (1TUB), hemoglobin (1HHO), and<br class="">collagen (1BKV). They all end up in very different and seemingly<br class="">random position in print space after STL export (see screenshot).<br class=""><br class="">Is there a way to predict how items will appear to allow one to adjust<br class="">the position beforehand with move commands?<br class=""><br class="">This is secondary for in silico simulations within Chimera but crucial<br class="">for printing of real models. If they are cut by the plane everything<br class="">below will not be printed, i.e. tubulin in my example would not be<br class="">printed at all without adjustments and the others would be cut.<br class=""><br class="">All the best,<br class=""><br class="">Jakob<br class=""><span id="cid:990A3170-C9E2-4608-9319-6DC3135666CF@cgl.ucsf.edu">&lt;default model position.jpg&gt;</span>_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>