<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Felipe,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; If your aim is to get a measure of the size of the ligand you could use “measure inertia ligand”. &nbsp;That shows an ellipsoid that matches the inertia of the atoms which is usually a decent approximation to the shape, and the radii along the 3 ellipse axes are reported in the Reply Log (in menu Favorites) as a, b, c.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>open 2gbp</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>measure inertia ligand</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="">Inertia axes for 2gbp 12 atoms</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>v1 = &nbsp;0.710 &nbsp;0.376 -0.595 &nbsp; a = &nbsp;4.106 &nbsp; r1 = &nbsp;1.511</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>v2 = -0.671 &nbsp;0.106 -0.734 &nbsp; b = &nbsp;3.321 &nbsp; r2 = &nbsp;1.857</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>v3 = -0.213 &nbsp;0.921 &nbsp;0.328 &nbsp; c = &nbsp;0.619 &nbsp; r3 = &nbsp;2.362</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>center = &nbsp; 37.399 &nbsp; 30.587 &nbsp; &nbsp;49.61</div></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Longest axis is 2*a = 8.2 Angstroms.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; If you really want the maximum pairwise distance then a simple Python script (attached) will do this.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>open 2gbp</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>select ligand</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>open maxdist.py</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Reply Log shows</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Maximum distance between pairs of atoms among 12 atoms is 6.31 for #0:310.A@O6 and #0:310.A@O2</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""></div></body></html>