<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Hi John,<div class="">I don’t know anything about Rasmol format from Coot, but I see it can write a Raster3D file. &nbsp; Chimera does not read rasmol or raster3D files, but it can certainly read density maps in many formats:</div><div class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html#volume" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/filetypes.html#volume</a>&gt;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">…and has many options for density map display. &nbsp;Just open the density map with File… Open and then adjust the contour level interactively in the Volume Viewer, which will automatically appear when you open the map. &nbsp;You can show isosurfaces as mesh or transparent surfaces, color them however you like, control mesh linewidth, show only the density near some selected atoms, &nbsp;etc.&nbsp;</div><div class=""><div class=""><br class=""></div><div class="">Example images, tutorial:</div><div class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/features.html#density" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/features.html#density</a>&gt;</div><div class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/density.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/density.html</a>&gt;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Further, you can change the background color and turn on shadows, for example, commands:</div><div class="">set bgColor white</div><div class="">set shadows</div><div class=""><br class=""></div><div class="">If you want the mesh to look like solid sticks, try command “meshmol”</div><div class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/meshmol.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/meshmol.html</a>&gt;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Those are just a few options of many. &nbsp;I attached an example of meshmol with shadows below. &nbsp;I didn’t spend time optimizing appearance, but it gives you a rough idea.</div><div class="">I hope this helps,</div><div class="">Elaine<br class=""><div class="">----------<br class="">Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;<br class="">UCSF&nbsp;Computer&nbsp;Graphics&nbsp;Lab&nbsp;(Chimera&nbsp;team)&nbsp;and&nbsp;Babbitt&nbsp;Lab<br class="">Department&nbsp;of&nbsp;Pharmaceutical&nbsp;Chemistry<br class="">University&nbsp;of&nbsp;California,&nbsp;San&nbsp;Francisco<br class=""><br class=""></div><div class=""><img height="403" width="734" apple-width="yes" apple-height="yes" apple-inline="yes" id="9FB568B6-E352-41F9-81EF-4A91BEAB685E" src="cid:20419ED3-81F3-4E3E-81E0-80DF42E1FDDF@compbio.ucsf.edu" class=""></div><div class=""><br class=""></div><br class=""><blockquote type="cite" class="">On Feb 29, 2016, at 7:22 AM, John Rose &lt;<a href="mailto:rose@bcl4.bmb.uga.edu" class="">rose@bcl4.bmb.uga.edu</a>&gt; wrote:<br class=""><br class="">Hi,<br class="">I colleague of mine just showed me that pyMOL can display great looking ED images from COOT which were saved in RASMOL format. &nbsp;Is there a way for CHIMERA to do this.<br class="">John Rose<br class="">&nbsp;<br class=""></blockquote><br class=""></div></div></body></html>