<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 25, 2016, at 12:21 PM, Elaine Meng &lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">Hi David,<br class="">
If generating separate maps based on a distance cutoff from the atoms is acceptable, you could try using Color Zone (Tools… Volume Data… Color Zone).<br class="">
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/colorzone/colorzone.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/colorzone/colorzone.html</a>&gt;<br class="">
<br class="">
First you’d have to color the components different colors, then select all their atoms. &nbsp;In Color Zone, use the slider to pick a suitable cutoff (if any) and then click “Split Map” &nbsp;to get separate &nbsp;maps for the zones.<br class="">
<br class="">
If the components are all separate models, you could color them uniquely and then select them with commands such as:<br class="">
rainbow models<br class="">
select <br class="">
<br class="">
Alternatively, although the Segment Map tool (in same menu as Color Zone) uses the watershed method and not the atoms, you could try Segment Map and then interactively group/ungroup the resulting segments to correspond with your docked components. &nbsp;I don’t
 know how easy or hard that might be.<br class="">
<br class="">
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div>There is an automated way of doing this as well which isn’t hard... You can see the ‘Segmenting with Fitted Models’ tutorial here as a guide:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><a href="http://ncmi.bcm.edu/ncmi/software/segger/docs" class="">http://ncmi.bcm.edu/ncmi/software/segger/docs</a></div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Greg</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/segger/segment.html" class="">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/segger/segment.html</a>&gt;<br class="">
<br class="">
I hope this helps,<br class="">
Elaine<br class="">
----------<br class="">
Elaine C. Meng, Ph.D. <br class="">
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br class="">
Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">
University of California, San Francisco<br class="">
<br class="">
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">On Feb 25, 2016, at 8:33 AM, David Haselbach &lt;<a href="mailto:dhaselb@gwdg.de" class="">dhaselb@gwdg.de</a>&gt; wrote:<br class="">
<br class="">
Hi,<br class="">
I do have a cryo EM map of a large complex and I fitted/modeled the individual protein components. Now I would like to segment my map according to those fitted models. Is there a possibility of doing that automatically?<br class="">
Cheers<br class="">
David<br class="">
</blockquote>
<br class="">
<br class="">
_______________________________________________<br class="">
Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">
Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">
Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">
http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</body>
</html>