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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Hi, Tom,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Thank you so much for your patient reply.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">May I ask, &nbsp;is there any example code in Python, like you suggested, so that I could know how to run it more clearly? &nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Thanks again.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Best,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Rongjian<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Tom Goddard [mailto:goddard@sonic.net]
<br>
<b>Sent:</b> Thursday, February 11, 2016 4:56 PM<br>
<b>To:</b> rongjian li<br>
<b>Cc:</b> chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] mapping between MRC and PDB<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Rongjian,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">&nbsp; The volume rotation angle is almost always zero so the rotation axis does not effect the relation between grid indices and x,y,z positions in space. &nbsp;If you are working with x-ray crystallography maps, the cell angles will often not be
 90 degrees, meaning that the rectangular box bounding the density map is skewed — you would have to use that.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">&nbsp; If you are writing a script in Python within Chimera you can directly access the mapping of grid index positions to x,y,z positions in the scene (ie atomic coordinates) using<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span class="apple-tab-span">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>p = (12.34, -1.58, 27.7)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span class="apple-tab-span">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>i,j,k =&nbsp;v.data.xyz_to_ijk(p)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">where v is a Volume model. &nbsp;The v.data is a Grid_Data object which is defined in Python by the following code:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span class="apple-tab-span">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/browser/trunk/libs/VolumeData/griddata.py">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/browser/trunk/libs/VolumeData/griddata.py</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">which is part of your Chimera distribution in<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span class="apple-tab-span">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>chimera/share/VolumeData/griddata.py<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">or on Mac<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span class="apple-tab-span">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>Chimera.app/Contents/Resources/share/VolumeData/griddata.py<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">&nbsp; Tom<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Feb 11, 2016, at 2:23 PM, rongjian li &nbsp;wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Hi,<span class="apple-converted-space">&nbsp;</span><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I am a beginner in using Chimera. I have a simple question for you experts and I really appreciate any guide for me.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I am working on a project needs to create a one-to-one mapping between MRC grid and PDB atoms. For example, from the PDB file, I know the physical coordinates of each atom.&nbsp;
 I want to know whether each atom is out of the 3D volume of MRC or not. &nbsp;If it is inside the volume, I hope to know which voxel grid this atom is in.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I have figured out the mapping between the physical origin of PDB system and its grid index in MRC using Chimera Volume Viewer -- &gt; Features ---&gt; Coordinates ----&gt; Origin
 Index.&nbsp; But I am not sure whether the information of ‘Rotation axis’ is also very important, which is usually [0,0,1] in &nbsp;Chimera Volume Viewer -- &gt; Features ---&gt; Coordinates ----&gt; Rotation axis.&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Thank you very much.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Best,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Rongjian<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list:<span class="apple-converted-space">&nbsp;</span></span><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:purple">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><br>
Manage subscription:<span class="apple-converted-space">&nbsp;</span></span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:purple">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
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</html>