<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi T.I,<div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; The “vop boxes” command is intended to do this but ends of giving box dimensions that differ by 1 grid point (like 149 by 149 by 150). &nbsp;A few other people have asked about this recently. &nbsp;So I’ve fixed vop boxes in tonight’s Chimera daily build so you can say</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vop boxes #0 #1 isize 150</div><div class=""><br class=""></div><div class="">where #0 is the density map and #1 are the markers and “isize 150” means extract a map for each marker that is 150 by 150 by 150 grid points. &nbsp;This “isize” option is new. &nbsp;The previous option “size” still exists but is specified in Angstroms. &nbsp;If you use that option it will also give cubes, but depending on where the marker is centered between grid points, the cube sizes could differ by 1 grid point for different markers. &nbsp;So I added the isize option so you could get exactly the same number of grid points for each marker. &nbsp;This isn’t exactly true — you don’t always get cubes — if the marker is too close to the edge of the density map so the box would go outside the map, then the extracted region is not a cube. &nbsp;Would be nice if it could fill it with zeros and make it a cube but it doesn’t do this now.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jan 28, 2016, at 10:09 AM, T-I &lt;<a href="mailto:ignatiou@gmail.com" class="">ignatiou@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><span style="font-size:12.8px" class="">Dear Chimera,</span><div style="font-size:12.8px" class=""><br class=""></div><div style="font-size:12.8px" class="">I would like to know exactly how to enclose my EM density map within a cube of specified size (where x, y and z have equal dimensions, &nbsp; &nbsp; &nbsp; i.e &nbsp;x,y,z = 150 pixels).</div><div style="font-size:12.8px" class=""><br class=""></div><div style="font-size:12.8px" class="">It seems that when I place a marker (from volume tracer) on my map and then specify the padding number a rectangular cube is produced instead.</div><div style="font-size:12.8px" class=""><br class=""></div><div style="font-size:12.8px" class="">I there a simple command to do this or can it be done from the GUI?</div><div style="font-size:12.8px" class=""><br class=""></div><div style="font-size:12.8px" class=""><br class=""></div><div style="font-size:12.8px" class=""><br class=""></div><div style="font-size:12.8px" class="">Many thanks</div><div style="font-size:12.8px" class="">T.I</div><div style="font-size:12.8px" class=""><br class=""></div><div style="font-size:12.8px" class="">PhD student, London</div></div>
_______________________________________________<br class="">Chimera-users mailing list<br class=""><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>