<div dir="ltr"><div>Thanks Elaine! That looks like it&#39;ll do the trick nicely :)<br><br></div>Oli.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 19, 2016 at 5:20 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Oliver,<br>
Attached is a script that Eric made me years ago to select all the incomplete residues.  I just did a spot-check on 5BTR and opening this script did select all the residues with missing atoms that were listed in the PDB header.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br><br>
<br>
P.S. I don’t see it listed in this Chimera Python-scripts page, will add it soon…<br>
<br>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts</a>&gt;<br>
<br>
&gt; On Jan 19, 2016, at 1:59 PM, Oliver Clarke &lt;<a href="mailto:olibclarke@gmail.com">olibclarke@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hello,<br>
&gt;<br>
&gt; Is there any way to select/color all protein residues with incomplete sidechains?<br>
&gt;<br>
&gt; This would be very helpful when looking at a structure and deciding whether it is necessary to run dock prep to fill them in prior to performing other calculations (e.g. sometimes I am only concerned with what is going on around a ligand binding site).<br>
&gt;<br>
&gt; Cheers,<br>
&gt; Oliver.<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
<br></blockquote></div><br></div>