<div dir="ltr">I have to detect the presence of a ligand in many PDB files.<div>So I have renamed all the Carbon atoms of the &quot;HETATM&quot; entries in these PDB files and I have also renamed the Carbon atoms of the file with known ligand. </div><div>Can I use Chimera to specifically superimpose these renamed atoms ? If yes, can you tell me how can I do this ?</div><div><br></div><div>In general, can Chimera superimpose ligands in 2 PDB files ?</div><div><br></div><div>Thank you</div></div>