<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Can chimera give me a report of all the command equivalents of the different manipulations I manually do in the GUI.<br></div>ex - if I open a PDB file, select a particular chain, delete ligands in that chain and save the same chain in Mol2 format. Can chimera give me a &quot;.cmd&quot; file of all the commands such that if I run the &quot;.cmd&quot; file in the terminal (in Ubuntu ) without using the GUI, I can reproduce the same results ?<br></div>Can you guide me regarding this ?<br><br></div>Thank you<br><br></div>Regards,<br></div>Yogendra<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 22, 2015 at 12:27 AM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Yogendra,<br>
The website is fine, as far as I can tell.  There is a PDF version of the whole User’s Guide linked to the documentation index, but it is very large (hundreds of pages):<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docindex.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docindex.html</a>&gt;<br>
<br>
However, there is also a 2-page PDF Quick Reference Guide, mostly about commands, linked to the tutorials index:<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/frametut.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/frametut.html</a>&gt;<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/quickref.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/quickref.pdf</a>&gt;<br>
<br>
The Quick Ref lists mosts commands, and if you need details on a specific command, you could use the “help” command to see its HTML manpage (for example, command:  help color).<br>
Best,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
&gt; On Dec 21, 2015, at 2:45 AM, Yogendra Ramtirtha &lt;<a href="mailto:ramtirtha.yogendra@gmail.com">ramtirtha.yogendra@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; I would be prefer me a PDF version of the user&#39;s guide to run commands through the command line<br>
&gt; Is the Chimera home page down ?<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you,<br>
&gt; Yogendra<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>