<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Thanks Tom, this is perfect, I hadn’t figured it out with vop cover, this is a perfect example to get going!
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Kyle</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 7 Dec 2015, at 19:59, Tom Goddard &lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net" class="">goddard@sonic.net</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Hi Kyle,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">&nbsp; So you want to extract a cube shaped region of a density map containing a PDB model. &nbsp;If you are using vop zone then the values are set to zero outside the zone distance. &nbsp;Using the “minimalBounds” option you get a rectangular box instead of
 a cube. &nbsp;From that non-cube box you want to extend the two shorter dimensions to equal the size (in grid points) of the longest of the x,y,z dimensions? &nbsp;That may involve extending beyond the bounds of the original map. &nbsp;The “vop cover” command can almost
 do what you want. &nbsp;It extends a map, mostly for handling unit cell and crystal symmetries, but you can turn off the symmetry handling. &nbsp;So if you have an extracted rectangular map of size (96, 101, 88) and you want make it size (101,101,101) with zero padding,
 the following command does this</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>vop cover #0 ibox -2,0,-6,98,100,94 useSymmetry false cellSize 200,200,200</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">documentation here</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span><a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html" class="">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
The trouble is that the integers you need to use depend on the original rectangular size. &nbsp;I’ve attached a Python script cube.py that will do this — you would run it as a Chimera command like
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>run /tmp/cube.py #0</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">and it will in turn run the appropriate vop cover command.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>Tom</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""></div>
</div>
<span id="cid:514A0A14-C9D6-4D4A-85F7-71977D85DD52">&lt;cube.py&gt;</span>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class=""></div>
<div class=""><br class="">
<div class=""><br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Dec 7, 2015, at 8:11 AM, Morris, Kyle wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Chimera team and users,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am cutting out multiple sub-volumes from a much larger volume (#0) with fitted PDB co-ordinates (#1-n) using a script, but having trouble making the final sub-volumes cubic. At present I am using cutting out sub-volumes using '$ vop zone #0
 #1 10 minimalBounds true’ to make the sub-volume more manageable.&nbsp;</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am aware of the previous questions posted at&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2015-April/010942.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2015-April/010942.html</a>&nbsp;for reducing a volume size and
 the trick at&nbsp;<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-April/006208.html" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-April/006208.html</a>&nbsp;for expanding a volume.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Is there however a way to make the volume cubic at the vop zone stage or a one liner command to expand a box after cutting with minimalBounds so that this can be efficiently scripted?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks for your help!</div>
<div class="">Kyle</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
Chimera-users mailing list<br class="">
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>