<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">Hi Kyle,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">&nbsp; So you want to extract a cube shaped region of a density map containing a PDB model. &nbsp;If you are using vop zone then the values are set to zero outside the zone distance. &nbsp;Using the “minimalBounds” option you get a rectangular box instead of a cube. &nbsp;From that non-cube box you want to extend the two shorter dimensions to equal the size (in grid points) of the longest of the x,y,z dimensions? &nbsp;That may involve extending beyond the bounds of the original map. &nbsp;The “vop cover” command can almost do what you want. &nbsp;It extends a map, mostly for handling unit cell and crystal symmetries, but you can turn off the symmetry handling. &nbsp;So if you have an extracted rectangular map of size (96, 101, 88) and you want make it size (101,101,101) with zero padding, the following command does this</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>vop cover #0 ibox -2,0,-6,98,100,94 useSymmetry false cellSize 200,200,200</div><div class=""><br class=""></div><div class="">documentation here</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html" class="">https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html</a></div><div class=""><br class=""></div>The trouble is that the integers you need to use depend on the original rectangular size. &nbsp;I’ve attached a Python script cube.py that will do this — you would run it as a Chimera command like<div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>run /tmp/cube.py #0</div><div class=""><br class=""></div><div class="">and it will in turn run the appropriate vop cover command.</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div class=""><br class=""></div><div class=""></div></body></html>