<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Chimera team and users,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am cutting out multiple sub-volumes from a much larger volume (#0) with fitted PDB co-ordinates (#1-n) using a script, but having trouble making the final sub-volumes cubic. At present I am using cutting out sub-volumes using '$ vop zone #0
 #1 10 minimalBounds true’ to make the sub-volume more manageable.&nbsp;</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am aware of the previous questions posted at&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2015-April/010942.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2015-April/010942.html</a>&nbsp;for reducing a volume size and
 the trick at&nbsp;<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-April/006208.html" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-April/006208.html</a>&nbsp;for expanding a volume.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Is there however a way to make the volume cubic at the vop zone stage or a one liner command to expand a box after cutting with minimalBounds so that this can be efficiently scripted?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks for your help!</div>
<div class="">Kyle</div>
</body>
</html>