<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text";
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-CA link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoPlainText>Elaine<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>So I tried to enlarge the size of the balls in the ball and stick image of an amino acid<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>What you see below is the command line <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>The&nbsp; command was highlighted in blue after I hit return. Nothing happened. So don&#8217;t know if I have it correct or not.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>A part of the image is also shown below. I am trying to change the size of the balls in the tryptophan amino acid. The molecule in the large spheres is a maltose. The Trp residue shows it has been selected.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>Your assistance will be appreciated<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>Thank you<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>Arthur G. Szabo<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><span style='mso-fareast-language:EN-CA'><img width=582 height=76 id="Picture_x0020_1" src="cid:image001.png@01D12E8F.ADB052F0"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText><span style='mso-fareast-language:EN-CA'><img width=390 height=316 id="Picture_x0020_2" src="cid:image002.png@01D12E8F.E05D7FC0"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText><span lang=EN-US style='mso-fareast-language:EN-CA'>-----Original Message-----<br>From: Elaine Meng [mailto:meng@cgl.ucsf.edu] <br>Sent: November-18-15 5:57 PM<br>To: A G Szabo<br>Cc: chimera-users@cgl.ucsf.edu BB<br>Subject: Re: [Chimera-users] helices</span></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>Hi Arthur,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>There isn&#8217;t anything in the menu to do that, but it can be done with commands or in the Selection Inspector.&nbsp; I&#8217;ll describe one way.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>When you show ball-and-stick, the balls are at some fraction of the VDW radii.&nbsp; When you show spheres, it is the full VDW radii.&nbsp; You could change the VDW radii, but probably a better method is to show ball-and-stick but change what fraction they are of the VDW radii.&nbsp; The default is 0.25.&nbsp; To change it you could use a command something like:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>setattr m ballScale 0.5<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>That would make ball-and-stick balls half the radius of the spheres. &nbsp;Of course, you could try other values and just see what you like.&nbsp; The &#8220;m&#8221; is because this setting is for the whole molecule model; you can&#8217;t have different values for different atoms in the same model.&nbsp; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>You can show the command line from the Favorites menu. You can also make sticks fatter and thinner in a similar way, with stickScale (default 1.0).<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>I hope this helps,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>Elaine<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>-----<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab Department of Pharmaceutical Chemistry University of California, San Francisco<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>On Nov 18, 2015, at 2:25 PM, A G Szabo &lt;<a href="mailto:agszabo@bell.net"><span style='color:windowtext;text-decoration:none'>agszabo@bell.net</span></a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; Elaine<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; But now I have another question that is related to the one I managed <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; to figure out.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; When I highlight an amino acid residue on a structure I know how to <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; visualize the amino acid as a ball and stick structure. I also know <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; how to have the residue shown as spheres.&nbsp; Except the Spheres are way too large.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; Is there a&nbsp; way in which I can reduce the size of the spheres?<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; I couldn't find anything obvious in the Tools menu.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; Thank you<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>&gt; Arthur G. Szabo<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p>&nbsp;</o:p></p></div></body></html>