
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">

Hello,

<div><br>

</div>

<div>I am looking for suggestions from the CHIMERA developers</div>

<div>and users’ community to address a rendering problem I have.</div>

<div><br>

</div>

<div>I have computed electric field data for protein ligand binding</div>

<div>sites (wt and related mutants) and would like to render this</div>

<div>field data as a collection of vectors, superimposed over a</div>

<div>nice rendering of the binding site structures. The field results</div>

<div>are from a series of QM/MM calculations we have performed,</div>

<div>and are in a simple ASCII format: cartesian coordinates for</div>

<div>N grid points, followed by cartesian coordinates of the N</div>

<div>field vectors that originate from the corresponding grid</div>

<div>points. I’ve debated whether I might be able to subvert the</div>

<div>PseudoBond reader to somehow process these data, but</div>

<div>still don’t have an easy option to display each field vector</div>

<div>as a short arrow.</div>

<div><br>

</div>

<div>Note that I don’t want to render the electric field data as a</div>

<div>set of continuous color-coded field lines. That is easy in any</div>

<div>number of molecular graphics programs. I know that rendering</div>

<div>fields as a collection of vectors (arrows) is “old-fashioned”,</div>

<div>but in this case we are convinced the old-fashioned render</div>

<div>is a more effective way to communicate our results.</div>

<div><br>

</div>

<div>Thanks in advance for any suggestions.</div>

<div><br>

</div>

<div>Terry L.</div>

<div><br>

</div>

<div>P.S. Greetings to all my former colleagues at UCSF.</div>

<div><br>

</div>

<div><br>

</div>

<div><br>

</div>

<div>

<div>

<div>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</div>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;"><br class="khtml-block-placeholder">

</div>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">Terry P. Lybrand</div>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">Prof. of Chemistry - College of Arts & Science</div>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">Professor of Pharmacology - School of Medicine</div>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">Vanderbilt University</div>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">Center for Structural Biology</div>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">5-154C BioSciences/MRB III</div>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">Nashville, TN 37232-8725</div>

<p style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;"> </p>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">Telephone: 615-343-1247</div>

<p style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;"> </p>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">Fax: 615-936-2211</div>

<p style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;"> </p>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">e-mail: <a href="mailto:terry.p.lybrand@vanderbilt.edu"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 0, 238);"><font class="Apple-style-span" color="#0013FE">terry.p.lybrand@vanderbilt.edu</font></span></a></div>

<p style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;"> </p>

<div style="orphans: 2; widows: 2; margin: 0px;">WWW: <a href="http://structbio.vanderbilt.edu/lybrand"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 0, 238);"><font class="Apple-style-span" color="#0013FE">http://structbio.vanderbilt.edu/lybrand</font></span></a></div>

<div style="orphans: 2; widows: 2;"><br class="khtml-block-placeholder">

</div>

<div style="orphans: 2; widows: 2;"><br class="khtml-block-placeholder">

</div>

</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<br>

</div>

</body>

</html>