<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">

<p>Hello,</p>

<p><br>

</p>

<p>I am trying to install OpenMM in Chimera to script some molecular dynamics. However, I am struggling to make it work, since the build fails with this error:</p>

<p><br>

</p>

<p></p>

<div>g++ -pthread -fPIC -mtune=generic -m64 -I/home/chimera/chimeraBuild_X11/build/build/include -L/home/chimera/chimeraBuild_X11/build/build/lib -DUSE_DYLD_GLOBAL_NAMESPACE -shared -Wl,--hash-style=both build/temp.linux-x86_64-2.7/src/swig_doxygen/OpenMMSwig.o

 -L/lib -R/lib -lOpenMM -lOpenMMAmoeba -lOpenMMRPMD -lOpenMMDrude -o build/lib.linux-x86_64-2.7/simtk/openmm/_openmm.so</div>

<div>g++: error: unrecognized command line option ‘-R’</div>

<div><br>

</div>

which is probably not related to Chimera at all.

<p></p>

<p><br>

</p>

<p>What I've done so far:</p>

<p><br>

</p>

<p>1. Download precompiled binaries for Linux from their site: <a href="https://simtk.org/project/xml/downloads.xml?group_id=161" id="LPlnk393679" title="https://simtk.org/project/xml/downloads.xml?group_id=161

Ctrl+Haga clic o puntee para seguir el vínculo">https://simtk.org/project/xml/downloads.xml?group_id=161</a></p>

<p><br>

</p>

<p>2. Extract that file and merge the contents of the directories "include" and "lib" with those in Chimera root path.</p>

<p><br>

</p>

<p>3. Cd into the python directory of the extracted file and run: chimera --nogui --script "setup.py install". </p>

<p><br>

</p>

<p>Has somebody been successful with this package? I know it seems more of a compiler issue, but maybe Chimera is doing some trickery with the build mechanism too.</p>

<p><br>

</p>

<p>Thank you in advance,</p>

<p>Jaime.</p>

</div>

</body>

</html>