<div dir="ltr">Dear Tom,<div><br></div><div>Yeah, it indeed did not change the intensity, I made a mistake, and did not make it clear.</div><div><br></div><div>I have a little experience on the this, that is my first time. As I stated, the magnitude of projections is 1.055 A/pixel, so I think the volume size of density map should be 1.055 A/voxel.  </div><div><br></div><div>A PDB file should be fitted into the density map theoretically I think, while apparently the density map is small compare to PDB.  That is why I changed the voxel size to 2.11 A/voxel. </div><div><br></div><div>So actually I want to make a confirmation that the grid in the density map whether is 1.055 A/voxel or not. if it is right, I guess something is wrong during the reconstruction. </div><div><br></div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div><br></div><div>yaowang</div><div> </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 23, 2015 at 7:50 PM, Tom Goddard <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Yaowang,<div><br></div><div>  The Chimera Volume Viewer voxel size setting (menu Features / Coordinates) changes the spacing between grid points.  It does not change the map intensity values.  If it appears to be wrong by a factor of 2 when compared to a PDB file then the voxel size is definitely.   I would not just guess that it is a factor of 2 too small — you should find out from whoever did the reconstruction what the correct value is.  But if 2.11A is the correct size than your fitting is fine.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>Tom</div></font></span><span class=""><div><br><div><br></div><div><div><blockquote type="cite"><div>On Nov 23, 2015, at 1:31 AM, Yaowang Li wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Dear all,</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">I faced a scale problem when I was trying to fit the density map.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">A density map was reconstructed from a set of projections which their</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">magnitude are 1.055A/pixel, with a reference model that is 1.055 A/voxel</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">and 5 A in resolution. However the pdb file cannot fit into the map</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">because the map is too much small. So I have to change the voxel size to</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">double and then can be fitted.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Here I changed the voxel size, I think it changed the scale for the</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">density. So i just worried about the fitting result.</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">thanks</span><br></div></div></blockquote></div><br></div></div></span></div></blockquote></div><br></div>