<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hi Eric,</p>
<p><br>
</p>
<p>It does give me the numerical value of the dipole moment, but how do I generate the dipole vector in the pdb structure?</p>
<p><br>
</p>
<p>Thanks</p>
<p><br>
</p>
<p>Ajay</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<br>
<br>
<div style="color: rgb(0, 0, 0);">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> Eric Pettersen &lt;pett@cgl.ucsf.edu&gt;<br>
<b>Sent:</b> Thursday, November 19, 2015 7:56 PM<br>
<b>To:</b> Pande, Ajay K<br>
<b>Cc:</b> Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] calculating dipole moment of a protein in pdb</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>Hi Ajay,
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>The script referenced in this chimera-users archive message will compute it:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a id="LPlnk627799" href="http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2010-February/004780.html" class="">http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2010-February/004780.html</a></div>
<div style="margin-top: 20px; margin-bottom: 20px; overflow: auto; width: 100%;" id="LPBorder_GT_14483037953820.4461792358501253">
<table style="border-top: 1px solid rgb(204, 204, 204); border-bottom: 1px solid rgb(204, 204, 204); width: 80%; background-color: rgb(255, 255, 255); position: relative; overflow: auto;" id="LPContainer_14483037953810.7723616813367392">
<tbody>
<tr style="border-spacing: 0px;" valign="top">
<td>
<div style="top: 0px; margin-top: 8px; font-size: 21px; font-family: &quot;wf_segoe-ui_semilight&quot;,&quot;Segoe UI Semilight&quot;,&quot;Segoe WP Semilight&quot;,&quot;Segoe UI&quot;,&quot;Segoe WP&quot;,Tahoma,Arial,sans-serif; color: rgb(51, 51, 51); margin-left: 14px; margin-right: 14px;" id="LPTitle_14483037953820.6295622129413163">
[Chimera-users] BCC CHARGES</div>
<div style="margin-top: 8px; font-size: 13px; font-family: &quot;wf_segoe-ui_normal&quot;,&quot;Segoe UI&quot;,&quot;Segoe WP&quot;,Tahoma,Arial,sans-serif; color: rgb(102, 102, 102); margin-left: 14px; margin-right: 14px;" id="LPDescription_14483037953820.8486864722593821">
I've attached a script that if you run it (File-&gt;Open, or &quot;open ~/ dipole.py&quot; [if it's in your home directory]) will print the dipole moments of all open molecular ...</div>
<div style="margin: 8px 14px 10px; height: 18px; text-overflow: ellipsis; overflow: hidden; white-space: nowrap;" id="LPUrlContainer_14483037953820.514023261198443">
<a target="_blank" href="http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2010-February/004780.html" style="font-size: 11px; font-family: &quot;wf_segoe-ui_normal&quot;,&quot;Segoe UI&quot;,&quot;Segoe WP&quot;,Tahoma,Arial,sans-serif; text-decoration: none;" id="LPUrlAnchor_14483037953820.4094834771546695">Read
 more...</a></div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Extracting the script from that message may be challenging, so I&#8217;m attaching it again. &nbsp;It&#8217;s also available from our Chimera Scripts page:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts" class="">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Like it says in the original message you have to assign partial charges before running the script (Tools-&gt;Structure Editing-&gt;AddCharge, or the &#8220;addcharge&#8221; command).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">&#8212;Eric</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px; word-wrap:break-word">
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>Eric Pettersen</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>UCSF Computer Graphics Lab</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>