<div dir="ltr">AWESOME!!!!!! :) :) :)<div><br></div><div>Thanks v much. this was doing my head in for the last hour or so!!!</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 21, 2015 at 1:40 AM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi George,<br>
Unfortunately the TIP4EW atoms are not recognized as H-bonding.  You would have to delete the 4th point and remove the H1-H2 bond for them to be recognized as such.  For example, commands:<br>
<br>
del @epw<br>
~bond @h1,h2<br>
<br>
Then running FindHBond or its command works, at least for me.<br>
<span class="im HOEnZb">I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
</span><span class="im HOEnZb">Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
</span><span class="im HOEnZb">On Nov 20, 2015, at 5:29 PM, George Green &lt;<a href="mailto:soyo.green@gmail.com">soyo.green@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Hi,<br>
</span><div class="HOEnZb"><div class="h5">&gt; Know this has been a while, but just came back to it after a long while. Got most of your suggestions working, but cannot get water-water hbonds going. After some investigation, I think this could be due to the fact that I&#39;m using TIP4-EW water. Reason is that I got water-water hbonds working with TIP3 and after trying lots of permutations cannot get this going.<br>
&gt;<br>
&gt; My current per-frame script command for showing Hbonds is:<br>
&gt; select :159-165.*; hbonds line 5 color gold  selRestrict any reveal true; ~select<br>
&gt; setattr p color gold :159-165.*;<br>
&gt; setattr g lineType 1<br>
&gt;<br>
&gt; This works fine in that hbonds between water and protein/ligand residues are shown, but none between the water which is a problem.<br>
&gt;<br>
&gt; Any advice would be greatly appreciated. :)<br>
&gt;<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>