<div dir="ltr"><span style="font-size:13px">Hello,</span><div style="font-size:13px"><div dir="ltr"><font color="#000000"></font></div></div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">I have a matrix of 10x10 .pdb files, and I need to calculate the RMSD from each PDB file to every other PDB file in that matrix. When I do this in the command line of Chimera, I type something like &quot;match #0 #1&quot; or &quot;match #0 #2&quot; for each of my PDB files, but I would like to automate this process so that it does not take as long. I have hundreds of files and they are all are named similarly (file_1.pdb, for example) but they are not numbered consecutively (file_1.pdb, file_17.pdb, file_43.pdb, for example). If possible, I would like the RMSD values to be output into a CSV file so that I can open it in excel. </div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">I have very little experience writing scripts and no idea where to begin to write this one, so I would greatly appreciate any help. I have been reading some of the responses given to other people regarding similar scripts, but I am having a hard time translating that to what I would like to do.</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">Thank you very much,</div><div style="font-size:13px">Ruthie</div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font color="#000000"></font></div></div></div>
</div>