<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Elaine and Tom,<br><br></div>thank you for your replies.<br><br></div>I will try Tom&#39;s trick to estimate the number of isosurfaces.<br><br></div>Raphael (or Raffaele ;D)<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-11-12 20:44 GMT+01:00 Tom Goddard <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">You can convert a map surface to one where each connected blob is a separate surface piece, then measure their area and volume using the following commands<br>
<br>
open emdbID:1080<br>
sop split #0 model #5<br>
measure volume #5<br>
measure area #5<br>
close #5<br>
<br>
with output to the Reply Log (in Favorites menu) that looks like:<br>
<br>
emd_1080.map split ? 1:  volume = 2389<br>
emd_1080.map split ? 3:  volume = 73628<br>
emd_1080.map split ? 2:  volume = 2425.3<br>
emd_1080.map split ? 9:  volume = 4.008<br>
emd_1080.map split ? 4:  volume = 2417.6<br>
…<br>
emd_1080.map split ? 1:  area = 1403.7<br>
emd_1080.map split ? 3:  area = 43120<br>
emd_1080.map split ? 2:  area = 1431.9<br>
emd_1080.map split ? 9:  area = 16.329<br>
emd_1080.map split ? 4:  area = 1463.1<br>
<br>
The blobs are number (82 in this example), but it seems they aren’t printed out in order — but you can count the lines when you process this data to see how many blobs there are.  Volume and area are in Angstrom^3 and Angstrom^2 if the grid spacing of the map is given in Angstroms.<br>
<br>
        Tom<br>
<br>
<br>
&gt; On Nov 12, 2015, at 9:33 AM, Elaine Meng  wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hi Raphael,<br>
&gt; Sorry no, there is no command (or even GUI tool, as far as I know) to count the number of blobs at a given contour level.<br>
&gt;<br>
&gt; There is also no command to measure the area and volume of a specific blob.  There is only the “Measure and Color Blobs” GUI, since to specify each blob you have to pick it by mouseclick.<br>
&gt; &lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/pickblobs/pickblobs.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/pickblobs/pickblobs.html</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Commands “measure area” and “measure volume” only measure the whole surface, that is, all of the blobs together.<br>
&gt; Best,<br>
&gt; Elaine<br>
&gt; ----------<br>
&gt; Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
&gt; UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
&gt; Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
&gt; University of California, San Francisco<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; On Nov 12, 2015, at 5:54 AM, Raffaele Raucci wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi all,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I imported in chimera a map file with .cube extension.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I was able to show isosurface after setting specific isovalue.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Can you tell me if it is possible, by command line, count the number of different blobs displayed as isosurface?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Is it also possible determine the area and volume of each blob?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks in advance,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Raphael<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
&gt;<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Regards<br><span>Raffaele Raucci, Ph.D.</span><br>Laboratoire de Biologie Computationnelle et Quantitative<br>UMR 7238 CNRS/UPMC - Paris<br></div><div>15, rue de l&#39; Ecole de Medicine<br></div><div>75006<br>FRANCE<br><br><a href="mailto:raf.raucci@gmail.com" target="_blank">raf.raucci@gmail.com</a><br><a href="mailto:raffaele.raucci@upmc.fr" target="_blank">raffaele.raucci@upmc.fr</a><br><br>Mobile: +33 (0)752277944<br></div></div></div></div></div></div></div>
</div>